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lifei_dut金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】氨基酸序列三维结构的获得 已有2人参与
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请教大家，我通过实验得到下列氨基酸序列，能否通过软件将他的三维结构显示出来？ 如果能，应该如何做呢？ 急盼大家帮忙，十分感谢。 MPTYKYSYFDVRGRGELVRYVFHAAGRDFEDDRVAREDWPSRKESTPFGQMPVLDVDGKKLAQSGAIARYAAREFDLAGKDSWEQALVDQYMGLVEDMFTEIVKVFFEKDEEKKKELQKNLAEVVFPKFCGLFEKALDQNGGKFFVGNSLTLADLAVLNAFDTPLHQHATLLDSFPKLKAHRERVMATPKLSEYIKNRKVTDI |
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6楼2015-07-16 09:58:54
回复
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-13 15:20:43
lifei_dut(金币+2):谢谢你的帮助，我试试看。 2010-08-13 17:18:28
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-13 15:20:43
lifei_dut(金币+2):谢谢你的帮助，我试试看。 2010-08-13 17:18:28
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http://swissmodel.expasy.org/ 申请个账号，用邮箱注册，然后登陆，选择automated mode,粘贴你的序列，submit，大约20分钟你的邮箱就会收到信息，就可以查看已经模拟好的结构 [ Last edited by skee2008 on 2010-8-13 at 12:22 ] |
2楼2010-08-13 12:21:55
ASP2009
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 220.3
- 散金: 8
- 帖子: 86
- 在线: 16.7小时
- 虫号: 689344
- 注册: 2009-01-07
- 专业: 生物大分子结构与功能
可以
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-08-13 15:20:52
lifei_dut(金币+5):谢谢你的解释，要是能再详细一下说明就更好了。 2010-08-13 17:17:53
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-08-13 15:20:52
lifei_dut(金币+5):谢谢你的解释，要是能再详细一下说明就更好了。 2010-08-13 17:17:53
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直接提交到 Swiss-model自动建模的话 可能不是十分准确，最好自己手工一步步做。 既然是新测的序列，估计PDB里面没有对应的结构。可以用同源模建进行三级结构预测。 首先把你的蛋白质序列进行blast，找到相似的结构作为模板，序列相似性大于30%的话就可以进行，模板可以不止一个，然后进行序列比对，比对可能需要调整。spdbv上就有一个同源模建的专题，按照上面做一遍就会了。 |
3楼2010-08-13 15:15:56
4楼2010-08-18 08:38:29