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格桑花海

金虫 (小有名气)

[求助] 求助 通过CLUSTAL软件进行多序列比对,利用MEGA4.0软件构建系统发育树 已有2人参与

本人本科生一枚,马上毕业,正在做毕业论文,做的是一株生防芽孢杆菌的鉴定,用的是16S rDNA及gyrA基因,现序列已经测序完毕,但由于本人实力有限,求助各位帮助做个系统发育树!序列以传附件。
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李海滨
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跑步的蜗牛

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

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格桑花海: 金币+55, ★★★★★最佳答案, 很有帮助 2014-04-30 19:42:47
引用回帖:
4楼: Originally posted by 跑步的蜗牛 at 2014-04-30 11:58:00
你这个就给我两条序列让我如何做比对,起码得有参考序列才行啊,我不是你们微生物方向的,不知道这个参考序列需要怎么选择。...

我刚才建树分析了一下,你那个gyrA是可以鉴定出种类的,但是16S你做的那个微生物16S很保守,NCBI BLAST的时候和好几个种的匹配度很高,建树结果是分不开的,你告诉我邮箱,我把进化树传给你,另外,你那个枝端命名有什么要求,你告诉我,我在帮你把进化树优化一下。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2014-04-30 13:56:03
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跑步的蜗牛

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
附件在哪里呢?用什么方法做呢?
2楼2014-04-29 19:16:53
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格桑花海

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 跑步的蜗牛 at 2014-04-29 19:16:53
附件在哪里呢?用什么方法做呢?

附件是已经测好的DNA序列,就是用CLUSTAL软件进行多序列比对,利用MEGA4.0软件构建系统发育树,谢谢!

» 本帖附件资源列表

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  • 附件 1 : 16SrDNA序列.txt
  • 2014-04-30 10:38:51, 1.5 K
  • 附件 2 : gyrA.txt
  • 2014-04-30 10:38:54, 1.11 K
李海滨
3楼2014-04-30 10:40:10
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跑步的蜗牛

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 格桑花海 at 2014-04-30 10:40:10
附件是已经测好的DNA序列,就是用CLUSTAL软件进行多序列比对,利用MEGA4.0软件构建系统发育树,谢谢!...

你这个就给我两条序列让我如何做比对,起码得有参考序列才行啊,我不是你们微生物方向的,不知道这个参考序列需要怎么选择。

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4楼2014-04-30 11:58:00
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