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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)

[求助] 谁知道用mega怎么做这个

关于genome duplication 的计算时,有文献这样做的:基因复制(gene duplication) 是多基因家族中普遍存在的方式,  通过不等交换(unequal crossing over)、逆转录转
座(retroposition)  或全基因组重复(whole genome duplica-tion)  等途径产生一个与原基因相似的基因或碱基序列, Bai 等[16]将基因复制概念归纳为两个特征,  即发生基因重复的两个基因序列之间有大于 70% 的核苷酸序列可以排列;  可排列的区域氨基酸序列的序列相似度大于 70% 。通过对基因复制的研究, 能更好地理解基因的起源、基因家族的形成、基因表达水平的多样性[17]。利用 MEGA3.1中的ClustalW 模块将所有的玉米NBS 类型抗病基因进行排序,  再将排序结果进行基因间序列相似度计算,  根据计算结果统计基因复制事件。
请问:这个具体是怎么做的?mega

3.jpg
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chenzhu198

铁杆木虫 (著名写手)

版主

顶下!我也想做这个。。等高手解答
红砖并进,理实交融!
2楼2013-01-02 12:52:41
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diandong

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

3楼2013-01-02 18:09:41
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张俊亚

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

其实很简单的 ,不一定非要涉及到mega,你去网上下个Clustal X就行了,然后把这些序列合并在一个FASTA文件中,放在硬盘根目录下,一定要是根目录,然后导入进去进行Align就可以了,只是现在很多软件兼容了Clustal的功能而已,其实是一样的,你用MEGA打开在使用其中的CLUSTAL功能就是多此一举而已!
4楼2013-01-11 23:05:28
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张俊亚

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

如果你要知道X和W的区别,那是这样的最先叫clustal 然后第二代好像作者的名字里有个W,第二代就叫clustal w ,这X就是顺着W来的,下一代说不定就叫clustal Y了,版本的更新而已。
5楼2013-01-11 23:10:44
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 张俊亚 at 2013-01-11 23:05:28
其实很简单的 ,不一定非要涉及到mega,你去网上下个Clustal X就行了,然后把这些序列合并在一个FASTA文件中,放在硬盘根目录下,一定要是根目录,然后导入进去进行Align就可以了,只是现在很多软件兼容了Clustal的 ...

你好,我不是研究怎么做比对,是想知道怎么用mega做基因复制,以上是别人这样做的,我只是不知道具体怎么做。
6楼2013-01-12 09:40:44
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marslyy

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

(1)把序列以FASTA格式输入到MEGA中
(2)多序列比对,就是那个W
(3)将比对结果以meg格式输出,就是那个Date里边的export Alignment
(4)打开那个meg格式的比对文件,主界面就会有个Dispute,就是计算遗传距离用的
祝你成功!!!
7楼2013-01-29 20:38:38
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sharon1024

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by marslyy at 2013-01-29 20:38:38
(1)把序列以FASTA格式输入到MEGA中
(2)多序列比对,就是那个W
(3)将比对结果以meg格式输出,就是那个Date里边的export Alignment
(4)打开那个meg格式的比对文件,主界面就会有个Dispute,就是计算遗传距离用的
祝 ...

用什么打开保存的那个MEG文件?下面的步骤能不能详细点呢?
8楼2015-04-14 12:24:17
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