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cyta201

新虫 (初入文坛)

[求助] mega做出来的系统发育树如下，求助是什么问题已有2人参与

先声明本人是maga新手用户- -，公司测序回来的结果先在NCBI上比对了，然后选了几种相似度比较大的菌株，把序列下下来在mega上做比对，结果如下，mega软件是按照下面的教程用的，求指教~mega做出来的系统发育树如下，求助是什么问题
系统发育树.jpg
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  • 附件 1 : MEGA软件——系统发育树构建方法.pdf
    • 2014-03-17 20:46:35, 1.74 M

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1楼2014-03-17 20:47:09
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cyta201: 金币+8, ★★★★★最佳答案 2014-03-22 18:25:31
确实是新手，是mega，不是maga,一般稳定的进化树用的是16S全长来构建的，你这置信值太低了，建议调取临近属的序列再画，芽孢杆菌属属调取相似度最高的即可
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2楼2014-03-17 23:19:28
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cyta201

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-17 23:19:28
确实是新手，是mega，不是maga,一般稳定的进化树用的是16S全长来构建的，你这置信值太低了，建议调取临近属的序列再画，芽孢杆菌属属调取相似度最高的即可

谢谢dllchina的回复，maga是打错了，囧，从来没做过这个，同实验室的也没有会做的，公司测序回来的只有2700左右的碱基没有全长，和临近属的比对？和芽孢乳杆菌属、梭菌属、脱硫肠状菌属比对？
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3楼2014-03-18 16:39:17
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
引用回帖:
3楼: Originally posted by cyta201 at 2014-03-18 16:39:17
谢谢dllchina的回复，maga是打错了，囧，从来没做过这个，同实验室的也没有会做的，公司测序回来的只有2700左右的碱基没有全长，和临近属的比对？和芽孢乳杆菌属、梭菌属、脱硫肠状菌属比对？...

2700bp,你是测的什么啊，不是16S么？细菌16S全长也就1500多啊。。。我刚发布了一个画树的帖子，你去瞅瞅吧
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4楼2014-03-18 20:19:46
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cyta201

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-18 20:19:46
2700bp,你是测的什么啊，不是16S么？细菌16S全长也就1500多啊。。。我刚发布了一个画树的帖子，你去瞅瞅吧...

是1400多个，被这东西搞的混乱了，分子知识需要补补额，谢谢
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5楼2014-03-20 13:07:59
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crydevil

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dllchina: 金币+1, 谢谢应助 2014-03-20 16:33:42
cyta201: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-22 18:25:45
建议建树的时候 至少找个外群吧，再把50以下的分支合并处理
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6楼2014-03-20 14:20:38
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王者君临

新虫 (初入文坛)
我做出来的结果跟你的一样，请问你后来是怎么弄得
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7楼2015-02-08 12:05:16
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