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雨璐花香

铜虫 (小有名气)

[求助] 建立系统发育树

我在NCBI上筛选到了同源性99%的序列，但建立的系统发育树却是这样的，可信度太低。这是什么原因呢？

系统发育树.png
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1楼 2012-09-10 19:17:21
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回帖置顶 ( 共有1个 )

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1949stone: 回帖置顶 2012-09-11 14:35:08
1949stone: MolEPI+1 2012-09-11 14:35:13
1.物种近缘，信息微点较少。
2.序列过短。
3.你使用的那种算方法希望指出。
4.是否找到合适的外群 。
5.具体你的研究内容和方向。
   以上这些都是基本问题，希望把这些情况都贴出来，大家一起分析。
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将相本无种★男儿当自强
4楼2012-09-11 10:55:40
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-12 16:00:22
雨璐花香: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-09-12 19:10:51
序列建树不是完全选择99%的序列进行建树。一般的如果是99%的序列建树，出来的图回事一个竖线。不会有你那么大的差异。

首先，你要确认你的下载的序列是否都是同一个5端-3端的序列。因为只有序列方向一直建的树才对。
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10楼2012-09-12 09:50:41
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-09-12 16:00:10
雨璐花香: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-09-12 19:10:32
你自己的样品可以很好的聚类，与其他种之间的差异看来是足够，如果你没有很好的外群，建议使用UPGMA方法，看看情况。
  建议你重新核对你所选的序列，将你的样品去掉做一次，感觉你选的其他物种的序列可能有问题，或是沁园关系较近。
  整体上说，你所用的物种间差异较小，只有整体上的拓扑结构，内部分支支持率较低。
  还有就是你说的不同模版差异很大是什么意思，望指明。
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将相本无种★男儿当自强
9楼2012-09-11 21:55:26
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普通回帖

雨璐花香

铜虫 (小有名气)
A8 A11 A14 A15是我的样品
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2楼2012-09-10 19:18:13
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
相似度高，区分度就小
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3楼2012-09-10 19:51:04
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雨璐花香

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xp198766 at 2012-09-10 19:51:04
相似度高，区分度就小

能具体描述下吗？
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5楼2012-09-11 14:20:53
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雨璐花香

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-09-11 10:55:40
1.物种近缘，信息微点较少。
2.序列过短。
3.你使用的那种算方法希望指出。
4.是否找到合适的外群 。
5.具体你的研究内容和方向。
   以上这些都是基本问题，希望把这些情况都贴出来，大家一起分析。

序列是1275bp，我用的方法是neighbor-joining tree，研究细菌的分离与鉴定的。请问怎样找到合适的外群？得一个一个试吗？有具体的方法吗？
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6楼2012-09-11 14:24:06
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雨璐花香

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-09-11 10:55:40
1.物种近缘，信息微点较少。
2.序列过短。
3.你使用的那种算方法希望指出。
4.是否找到合适的外群 。
5.具体你的研究内容和方向。
   以上这些都是基本问题，希望把这些情况都贴出来，大家一起分析。

每次选不同的模板计算，区别都很大，能帮忙解释下吗
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7楼2012-09-11 14:37:04
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aloon111

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
找15-20个模式菌株再做一次，你这序列太多了。
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汇天下之贤
8楼2012-09-11 15:44:29
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