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雨璐花香

铜虫 (小有名气)

[求助] 建立系统发育树

我在NCBI上筛选到了同源性99%的序列，但建立的系统发育树却是这样的，可信度太低。这是什么原因呢？

系统发育树.png
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1楼2012-09-10 19:17:21
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-09-12 16:00:10
雨璐花香: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-09-12 19:10:32
你自己的样品可以很好的聚类，与其他种之间的差异看来是足够，如果你没有很好的外群，建议使用UPGMA方法，看看情况。
  建议你重新核对你所选的序列，将你的样品去掉做一次，感觉你选的其他物种的序列可能有问题，或是沁园关系较近。
  整体上说，你所用的物种间差异较小，只有整体上的拓扑结构，内部分支支持率较低。
  还有就是你说的不同模版差异很大是什么意思，望指明。
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将相本无种★男儿当自强
9楼2012-09-11 21:55:26
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雨璐花香

铜虫 (小有名气)
A8 A11 A14 A15是我的样品
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2楼2012-09-10 19:18:13
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
相似度高，区分度就小
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3楼2012-09-10 19:51:04
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1949stone: 回帖置顶 2012-09-11 14:35:08
1949stone: MolEPI+1 2012-09-11 14:35:13
1.物种近缘，信息微点较少。
2.序列过短。
3.你使用的那种算方法希望指出。
4.是否找到合适的外群 。
5.具体你的研究内容和方向。
   以上这些都是基本问题，希望把这些情况都贴出来，大家一起分析。
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将相本无种★男儿当自强
4楼2012-09-11 10:55:40
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