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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)

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[求助] 谁知道用mega怎么做这个

关于genome duplication 的计算时，有文献这样做的：基因复制(gene duplication) 是多基因家族中普遍存在的方式, 通过不等交换(unequal crossing over)、逆转录转
座(retroposition) 或全基因组重复(whole genome duplica-tion) 等途径产生一个与原基因相似的基因或碱基序列, Bai 等[16]将基因复制概念归纳为两个特征, 即发生基因重复的两个基因序列之间有大于 70% 的核苷酸序列可以排列; 可排列的区域氨基酸序列的序列相似度大于 70% 。通过对基因复制的研究, 能更好地理解基因的起源、基因家族的形成、基因表达水平的多样性[17]。利用 MEGA3.1中的ClustalW 模块将所有的玉米NBS 类型抗病基因进行排序, 再将排序结果进行基因间序列相似度计算, 根据计算结果统计基因复制事件。
请问：这个具体是怎么做的？mega

3.jpg

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1楼2013-01-01 21:07:13

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张俊亚

木虫 (正式写手)

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专业: 环境微生物学

【答案】应助回帖

其实很简单的，不一定非要涉及到mega，你去网上下个Clustal X就行了，然后把这些序列合并在一个FASTA文件中，放在硬盘根目录下，一定要是根目录，然后导入进去进行Align就可以了，只是现在很多软件兼容了Clustal的功能而已，其实是一样的，你用MEGA打开在使用其中的CLUSTAL功能就是多此一举而已！