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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)

[求助] 谁知道用mega怎么做这个

关于genome duplication 的计算时，有文献这样做的：基因复制(gene duplication) 是多基因家族中普遍存在的方式,  通过不等交换(unequal crossing over)、逆转录转
座(retroposition)  或全基因组重复(whole genome duplica-tion)  等途径产生一个与原基因相似的基因或碱基序列, Bai 等[16]将基因复制概念归纳为两个特征,  即发生基因重复的两个基因序列之间有大于 70% 的核苷酸序列可以排列;  可排列的区域氨基酸序列的序列相似度大于 70% 。通过对基因复制的研究, 能更好地理解基因的起源、基因家族的形成、基因表达水平的多样性[17]。利用 MEGA3.1中的ClustalW 模块将所有的玉米NBS 类型抗病基因进行排序,  再将排序结果进行基因间序列相似度计算,  根据计算结果统计基因复制事件。
请问：这个具体是怎么做的？mega

3.jpg
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1楼 2013-01-01 21:07:13
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chenzhu198

铁杆木虫 (著名写手)

版主
顶下！我也想做这个。。等高手解答
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红砖并进，理实交融！
2楼2013-01-02 12:52:41
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diandong

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2013-01-02 18:09:41
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张俊亚

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

其实很简单的 ，不一定非要涉及到mega，你去网上下个Clustal X就行了，然后把这些序列合并在一个FASTA文件中，放在硬盘根目录下，一定要是根目录，然后导入进去进行Align就可以了，只是现在很多软件兼容了Clustal的功能而已，其实是一样的，你用MEGA打开在使用其中的CLUSTAL功能就是多此一举而已！
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4楼2013-01-11 23:05:28
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张俊亚

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

如果你要知道X和W的区别，那是这样的最先叫clustal 然后第二代好像作者的名字里有个W，第二代就叫clustal w ，这X就是顺着W来的，下一代说不定就叫clustal Y了，版本的更新而已。
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5楼2013-01-11 23:10:44
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 张俊亚 at 2013-01-11 23:05:28
其实很简单的 ，不一定非要涉及到mega，你去网上下个Clustal X就行了，然后把这些序列合并在一个FASTA文件中，放在硬盘根目录下，一定要是根目录，然后导入进去进行Align就可以了，只是现在很多软件兼容了Clustal的 ...

你好，我不是研究怎么做比对，是想知道怎么用mega做基因复制，以上是别人这样做的，我只是不知道具体怎么做。
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6楼2013-01-12 09:40:44
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marslyy

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

(1)把序列以FASTA格式输入到MEGA中
(2)多序列比对，就是那个W
(3)将比对结果以meg格式输出，就是那个Date里边的export Alignment
(4)打开那个meg格式的比对文件,主界面就会有个Dispute，就是计算遗传距离用的
祝你成功！！！
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7楼2013-01-29 20:38:38
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sharon1024

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by marslyy at 2013-01-29 20:38:38
(1)把序列以FASTA格式输入到MEGA中
(2)多序列比对，就是那个W
(3)将比对结果以meg格式输出，就是那个Date里边的export Alignment
(4)打开那个meg格式的比对文件,主界面就会有个Dispute，就是计算遗传距离用的
祝 ...

用什么打开保存的那个MEG文件？下面的步骤能不能详细点呢？
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8楼2015-04-14 12:24:17
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