以AB为例，超胞有60个原子，也就是60个坐标，
导出的元素信息，自己处理下，应该可以找到类似以下的
1 A x1,y1,z1
2 B x2,y2,z2
3 A x3,y3,z3
......
60 B x60,y60,z60
我说的替换是
把
1 A x1,y1,z1 替换成 1 C x1,y1,z1
得到
1 C x1,y1,z1
2 B x2,y2,z2
3 A x3,y3,z3
......
60 B x60,y60,z60
超胞中的等价位置，互不影响。
文献是，根据你研究的问题，去查查为好。
比如有些第一近邻是不稳定的，做随机的时候就限制下条件。
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