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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 磷脂双分子层模型怎么建立？
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)

[求助] 磷脂双分子层模型怎么建立？

急！！本人想做跨膜蛋白的动力学模拟，蛋白同源建模后想将其嵌入磷脂双分子层模型中，然后跑分子动力学，请问生物膜模型怎么建立？哪里能下载吗？如何嵌入其中？？希望有经验的大侠能指导一下，本人不胜感激！！
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超人不会飞
1楼 2011-11-19 15:33:52
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-12-01 17:48:48
超人与小木虫(金币+5): ★有帮助 2012-03-08 13:30:25
引用回帖:
1楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2011-11-19 15:33:52:
急！！本人想做跨膜蛋白的动力学模拟，蛋白同源建模后想将其嵌入磷脂双分子层模型中，然后跑分子动力学，请问生物膜模型怎么建立？哪里能下载吗？如何嵌入其中？？希望有经验的大侠能指导一下，本人不胜感激！！

这个看你要用什么软件进行动力学模拟啊，还有具体要的是什么磷脂层
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科研就是讨论出来的
2楼2011-12-01 17:08:50
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 夏天的鱼 at 2011-12-01 17:08:50:
这个看你要用什么软件进行动力学模拟啊，还有具体要的是什么磷脂层

我想用AMBER跑动力学，就在构建脂膜-蛋白-水体系这里遇到麻烦了，不知道怎么将蛋白嵌入到生物膜里，看过VMD的那个教程，但还要结合NAMD，我手头上已经有DMPC、popc的磷脂双分子层的模型了。希望大侠能指导我一下！谢谢！
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超人不会飞
3楼2011-12-03 11:43:26
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+1): 2011-12-05 09:52:46
超人与小木虫(金币+5): ★有帮助 2012-03-08 13:30:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2011-12-03 11:43:26:
我想用AMBER跑动力学，就在构建脂膜-蛋白-水体系这里遇到麻烦了，不知道怎么将蛋白嵌入到生物膜里，看过VMD的那个教程，但还要结合NAMD，我手头上已经有DMPC、popc的磷脂双分子层的模型了。希望大侠能指导我一下 ...

你要是已经有了膜就可以手动放进去，保证关键区域方位跟文献报道的一致就可以了
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科研就是讨论出来的
4楼2011-12-04 08:43:37
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SunnyRain0.0

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2011-12-03 11:43:26
我想用AMBER跑动力学，就在构建脂膜-蛋白-水体系这里遇到麻烦了，不知道怎么将蛋白嵌入到生物膜里，看过VMD的那个教程，但还要结合NAMD，我手头上已经有DMPC、popc的磷脂双分子层的模型了。希望大侠能指导我一下！ ...

能不能把你的双分子层模型给我一份啊？
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Ihaveonedream~
5楼2013-07-23 18:07:31
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