| 查看: 2398 | 回复: 9 | |||
wdali金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】求一个磷脂双分子膜的PDB文件 已有3人参与
|
| 小弟听闻脂质双分子层是可以构造出来的，所以想看看各位哥哥姐姐们手头有没有现成的，不不胜感激啊。 |
回复此楼» 猜你喜欢
会评
已经有5人回复
-
生生命学部会评
已经有3人回复
-
小木虫没落了，除了祈祷帖子，几乎看不到有价值的帖子
已经有13人回复
-
E口会评
已经有13人回复
-
E口青C会评结束了吗？
已经有9人回复
-
生命口C13面上会评时间
已经有9人回复
-
内心匮乏
已经有13人回复
-
你可曾有过这种感受？
已经有6人回复
-
农业机械学报投稿周期
已经有7人回复
-
国自然面上D口祈祷
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 如何做动力学模拟pdb文件
已经有4人回复
- 把一个pdb的蛋白质复合物 保存成prmtop 和inpcrd 文件
已经有3人回复
- 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心
已经有6人回复
- 如何制作简单的化学分子的pdb文件
已经有11人回复
- gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
已经有4人回复
- 磷脂双分子层模型怎么建立？
已经有4人回复
- pdb文件中加入氢原子
已经有7人回复
- AutoDock产生的结果dlg文件转化成pdb文件
已经有13人回复
- 【求助】构建水-磷脂膜-水环境模型
已经有9人回复
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
417749152
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1580.1
- 散金: 7
- 帖子: 209
- 在线: 261.7小时
- 虫号: 809428
- 注册: 2009-07-15
- 专业: 肿瘤化学药物治疗
2楼2010-08-23 18:40:47
wdali
金虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1687.8
- 散金: 51
- 红花: 6
- 帖子: 623
- 在线: 245.9小时
- 虫号: 779440
- 注册: 2009-05-25
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
3楼2010-08-23 21:59:49
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
- 虫号: 600024
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物力学
4楼2010-08-25 16:40:30
wdali
金虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1687.8
- 散金: 51
- 红花: 6
- 帖子: 623
- 在线: 245.9小时
- 虫号: 779440
- 注册: 2009-05-25
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
5楼2010-08-27 10:30:11
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
- 虫号: 600024
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物力学
6楼2010-08-27 10:42:52
夏天的鱼
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2475.1
- 散金: 39
- 红花: 2
- 帖子: 269
- 在线: 106.2小时
- 虫号: 960429
- 注册: 2010-03-03
- 专业: 化学计量学与化学信息学
7楼2010-09-07 16:24:35
夏天的鱼
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2475.1
- 散金: 39
- 红花: 2
- 帖子: 269
- 在线: 106.2小时
- 虫号: 960429
- 注册: 2010-03-03
- 专业: 化学计量学与化学信息学
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-07 20:32:28
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-07 20:32:28
8楼2010-09-07 19:15:52
wdali
金虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1687.8
- 散金: 51
- 红花: 6
- 帖子: 623
- 在线: 245.9小时
- 虫号: 779440
- 注册: 2009-05-25
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
9楼2010-09-08 08:51:08
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
如果你问的是脂双层（就是三明治那种）的的话，只用GROMACS就可以， 这是官网教程http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction/bilayers 这是中文版的http://jerkwin.github.io/2016/11/03/Martini实例教程Lip/ 里面的这个文件bilayer_tutorial.zip里面有所需要的模拟用文件，和已经模拟后的结果文件（可用来自己模拟后比较用），其中结构就是pdb格式的，再加上轨迹文件可用VMD查看到双层形成过程 如果你问的是脂质体那种球状的话，可以用packmol或者charmm-gui(跑的时候有水洞，最后封上)， 资料或文献也可在网上查到， 不过他是先摆成球的样子，再跑一跑的，查看的话用VMD就行， 数据分析在教程里也都有，具体各个数据分析什么意思可查找知网的中文文献，里面有中文的，比较好理解。 |
10楼2017-03-15 22:52:53
40