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如何制作简单的化学分子的pdb文件 已有7人参与
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| 我是初学者，想做环氧聚合物和石墨烯的分子动力学，使用NAMD和VMD运算，首先遇到的问题是怎么制作pdb这种包含分子结构的文件？例如 Triethylenetetramine三乙烯四胺的pdb文件？ 谢谢 |
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2楼2011-12-10 19:16:59
3楼2011-12-11 16:31:30
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jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:54
御剑江湖: 可以更详细点，下次有机会获得EPI 2011-12-21 16:12:15
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生成pdb的话总结下比较方便简单的有三种：1.Chemoffice，2.Gaussview，3.Materials Studio。生成的pdb文件gromacs都是可以识别的，但是个别的文件需要简单的处理一下，例如Materials Studio生成的文件中会多出几行乱七八糟的东西，你直接删掉就可以了，只保留原子的那些~ 没太明白你所说的“键的连接和以前大不相同”，指的是键级变了吗？还是咋的？如果是键级变的话倒是没什么的，因为不同的软件中对于键的距离并不是按照统一的标准认的，稍微就行优化就可以了，或者说这合理的范围就行了~ |
9楼2011-12-14 09:22:40
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10楼2011-12-14 09:37:03