| 查看: 3559 | 回复: 11 | |||
[交流]
如何制作简单的化学分子的pdb文件 已有7人参与
|
|||
| 我是初学者，想做环氧聚合物和石墨烯的分子动力学，使用NAMD和VMD运算，首先遇到的问题是怎么制作pdb这种包含分子结构的文件？例如 Triethylenetetramine三乙烯四胺的pdb文件？ 谢谢 |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
yinxg2008» 猜你喜欢
一志愿北交大材料工程总分358求调剂
已经有6人回复
-
312求调剂
已经有7人回复
-
材料334求调剂
已经有19人回复
-
生物与医药273求调剂
已经有6人回复
-
301求调剂
已经有10人回复
-
专硕0854初试考材科基，求调剂
已经有5人回复
-
0703化学
已经有15人回复
-
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有9人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有10人回复
-
求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何做动力学模拟pdb文件
已经有4人回复
- 有用过PDB Viewer的吗？怎么能让分子显示new cartoon而不是默认的化学骨架模型？
已经有4人回复
- 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心
已经有6人回复
- pdb文件，top文件
已经有6人回复
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
- 【求助】PDB文件在Gview中的显示问题
已经有3人回复
- 【求助】pdb文件转换成gjf文件问题
已经有4人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
2楼2011-12-10 19:16:59
3楼2011-12-11 16:31:30
4楼2011-12-12 08:51:32
5楼2011-12-12 15:23:58
loudonghua
银虫 (初入文坛)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 496.8
- 红花: 2
- 帖子: 30
- 在线: 101.5小时
- 虫号: 1229268
- 注册: 2011-03-11
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
6楼2011-12-12 16:50:13
熙满0118
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1194.5
- 散金: 12
- 红花: 1
- 帖子: 121
- 在线: 49小时
- 虫号: 867876
- 注册: 2009-10-10
- 性别: MM
- 专业: 电化学
7楼2011-12-12 17:34:35
8楼2011-12-13 19:40:52
shengxiang
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 33 (小学生)
- 金币: 805.5
- 散金: 2572
- 红花: 9
- 帖子: 1460
- 在线: 154.1小时
- 虫号: 800854
- 注册: 2009-06-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:54
御剑江湖: 可以更详细点，下次有机会获得EPI 2011-12-21 16:12:15
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:54
御剑江湖: 可以更详细点，下次有机会获得EPI 2011-12-21 16:12:15
|
生成pdb的话总结下比较方便简单的有三种：1.Chemoffice，2.Gaussview，3.Materials Studio。生成的pdb文件gromacs都是可以识别的，但是个别的文件需要简单的处理一下，例如Materials Studio生成的文件中会多出几行乱七八糟的东西，你直接删掉就可以了，只保留原子的那些~ 没太明白你所说的“键的连接和以前大不相同”，指的是键级变了吗？还是咋的？如果是键级变的话倒是没什么的，因为不同的软件中对于键的距离并不是按照统一的标准认的，稍微就行优化就可以了，或者说这合理的范围就行了~ |
9楼2011-12-14 09:22:40
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
10楼2011-12-14 09:37:03
