| 查看: 3876 | 回复: 11 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
如何制作简单的化学分子的pdb文件 已有7人参与
|
|||
| 我是初学者，想做环氧聚合物和石墨烯的分子动力学，使用NAMD和VMD运算，首先遇到的问题是怎么制作pdb这种包含分子结构的文件？例如 Triethylenetetramine三乙烯四胺的pdb文件？ 谢谢 |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
yinxg2008» 猜你喜欢
今天务委会开完了，明天出结果吗
已经有7人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有22人回复
-
某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感
已经有9人回复
-
在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。
已经有6人回复
-
放榜前的不淡定
已经有18人回复
-
什么时候开奖？
已经有13人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有8人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有10人回复
-
人气不行了
已经有11人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有22人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何做动力学模拟pdb文件
已经有4人回复
- 有用过PDB Viewer的吗？怎么能让分子显示new cartoon而不是默认的化学骨架模型？
已经有4人回复
- 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心
已经有6人回复
- pdb文件，top文件
已经有6人回复
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
- 【求助】PDB文件在Gview中的显示问题
已经有3人回复
- 【求助】pdb文件转换成gjf文件问题
已经有4人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
shengxiang
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 33 (小学生)
- 金币: 805.5
- 散金: 2572
- 红花: 9
- 帖子: 1460
- 在线: 154.1小时
- 虫号: 800854
- 注册: 2009-06-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:54
御剑江湖: 可以更详细点，下次有机会获得EPI 2011-12-21 16:12:15
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-15 16:13:54
御剑江湖: 可以更详细点，下次有机会获得EPI 2011-12-21 16:12:15
|
生成pdb的话总结下比较方便简单的有三种：1.Chemoffice，2.Gaussview，3.Materials Studio。生成的pdb文件gromacs都是可以识别的，但是个别的文件需要简单的处理一下，例如Materials Studio生成的文件中会多出几行乱七八糟的东西，你直接删掉就可以了，只保留原子的那些~ 没太明白你所说的“键的连接和以前大不相同”，指的是键级变了吗？还是咋的？如果是键级变的话倒是没什么的，因为不同的软件中对于键的距离并不是按照统一的标准认的，稍微就行优化就可以了，或者说这合理的范围就行了~ |
9楼2011-12-14 09:22:40
2楼2011-12-10 19:16:59
4楼2011-12-12 08:51:32
5楼2011-12-12 15:23:58
20