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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】PDB文件在Gview中的显示问题
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sunzhiguo

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】PDB文件在Gview中的显示问题

在MS中截取分子筛簇模型，自动加氢原子，存为PDB 文件。在Gview打开，发现所加的氢原子与簇模型氧原子之间没有键，成游离状态，请问大家什么原因，怎么解决？多谢指教。
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1楼2010-11-18 11:06:12
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ykwang

金虫 (正式写手)
★
zhou2009(金币+1): 2010-11-18 11:23:42
有关的键长超过了GaussView的判据。手动建立连接即可。
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2楼2010-11-18 11:11:57
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sunzhiguo

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-18 11:11:57:
有关的键长超过了GaussView的判据。手动建立连接即可。

多谢指导。那么请问手动连接时方向有没有限制，绝大多数文献说使氢氧键顺着硅氧键方向，该怎么操作呢？恳请赐教。
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3楼2010-11-18 13:55:31
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ykwang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sunzhiguo at 2010-11-18 13:55:31:
多谢指导。那么请问手动连接时方向有没有限制，绝大多数文献说使氢氧键顺着硅氧键方向，该怎么操作呢？恳请赐教。

我没有见过这种说法。如果可能你把PDB文件贴上来，可以帮你分析一下。
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4楼2010-11-18 14:41:56
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