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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令
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lishuxian

银虫 (小有名气)

[求助] [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令

最近我们实验室的服务器上新装上了Gromacs-4.5.4，老外帮我们装的，但是我们都不会用，小弟不才刚开始学，很多不懂，望指教！

@node13:~> pdb2gmx --help
-bash: pdb2gmx: command not found

PS：我们一直是用Monte Carlo的，基本都是自己编程，最近老板想让我们学点MD的软件操作。
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OneStepADay!
1楼 2011-08-09 13:22:14
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winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
lishuxian(金币+1): 2011-08-09 14:27:19
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-10 21:06:16
应该是环境变量没设好吧。
参阅：http://manual.gromacs.org/online/getting_started.html#setup
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2楼2011-08-09 14:11:55
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lishuxian

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by winterz at 2011-08-09 14:11:55:
应该是环境变量没设好吧。
参阅：http://manual.gromacs.org/online/getting_started.html#setup

我查了一下 /usr/local/gromacs-4.5.4/bin 文件夹下有g_luck，如下
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # ls
GMXRC            g_confrms      g_luck       g_rotacf   
...
...
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # g_luck
-bash: g_luck: command not found
但是还是不能执行，...
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OneStepADay!
3楼2011-08-09 14:43:38
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winterz

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-10 21:06:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by lishuxian at 2011-08-09 14:43:38:
我查了一下 /usr/local/gromacs-4.5.4/bin 文件夹下有g_luck，如下
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # ls
GMXRC            g_confrms      g_luck       g_rotacf   
...
...
node13:/usr/local/gro ...

如果你的环境变量中没有当前目录，执行程序是要把路径写上的。

你执行一下：
/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck
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lishuxian
4楼2011-08-09 15:56:30
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lishuxian

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by winterz at 2011-08-09 15:56:30:
如果你的环境变量中没有当前目录，执行程序是要把路径写上的。

你执行一下：
/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck

谢了，可以了。
@node13:~>/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck
gcq#64: "Keep Your Shoes and Socks On, People" (F. Zappa)

但是，我每次要运行都必须加上usr/local/gromacs-4.5.4/bin/[command]才能用，请问有何简便一点的方法，谢过！
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OneStepADay!
5楼2011-08-09 23:18:24
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winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lishuxian(金币+4): 谢谢你的坚持回答，我打算自己动手重新装一下GMX，有不懂再向你请教！ 2011-08-10 14:57:55
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-10 21:06:44
把那个路径加入PATH里面。

echo "export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
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6楼2011-08-10 09:47:39
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-16 20:44:55
建议楼主先熟悉一下linux系统操作
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7楼2011-08-15 20:23:56
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lishuxian

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lishuxian at 2011-08-09 23:18:24:
谢了，可以了。
@node13:~>/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck
gcq#64: "Keep Your Shoes and Socks On, People" (F. Zappa)

但是，我每次要运行都必须加上usr/local/gromacs-4.5.4/bin/[co ...

现在我又遇到了一个问题，我现在上传不了文件到服务器上了，前几天还可以。我用师兄的账号可以，就我的不行，不知道怎么回事。
我用的是SSH，后来又在自己的机子上装了winSCP，试了一下还是不能上传，说明我的SSH没有问题，所以我想应该是服务器对我的操作权限做了限制，但是我不会改，求教！
不太明白的是，以前怎么没问题，现在怎么又不行了，没有人动服务器呀，郁闷。
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OneStepADay!
8楼2011-08-16 16:37:46
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dongyue129

新虫 (初入文坛)
版主好啊，请问你是用MC做哪方面的啊，想向你请教下呢，呵呵。
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9楼2012-02-07 14:18:11
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clinux

金虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 20:12:52
Linux下 之间输入 sudo apt-get install gromacs ，一步到位！不行的话，就自己跟新一下软件源
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读博是个坑
10楼2014-05-16 12:58:40
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