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astringent

铜虫 (著名写手)

[求助] gromacs 中mdrun命令

初学gmx，最近刚学gromacs，我想安装并行版的gromacs，我的gmx版本是4.5.5但是因为对程序不太懂，自己也不知道现在安装好的是不是并行版的。当我用mdrun -v -s xxx.tpr -deffnm em程序不运行，说是gmx自动开始用2threads，并提示说可以自己指定-nt，我就把命令改成了mdrun -v -nt 1 -s xxx.tpr -deffnm em（我想把-nt 生成1 就相当于串行吧。因为之前编译成串行的时候，可以进行mdrun）
这样就可以做了。我的问题是，我这样做可以吗？对模拟结果有没有影响。
请大家指点，不甚感激。
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1楼 2012-01-24 07:18:52
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng(金币+2): 2012-01-25 11:11:30
关键是你用一个processor做gmx的动力学，要多久才能做完啊？
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2楼2012-01-24 17:45:50
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-06 20:43:41
对结果没有任何影响，但是你用一个核得到啥时候啊
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3楼2012-02-04 23:58:43
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astringent

铜虫 (著名写手)
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-17 22:17:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by shengxiang at 2012-02-04 23:58:43:
对结果没有任何影响，但是你用一个核得到啥时候啊

那我怎样才能把gmx编译成并行的呢？我按照gmx网页上的安装指南，可是不对啊。我用的gmx4.5.5，网页上说这个可以不安装mpi，只要编译的时候用enable-threads就行，可是我这么做了，就是不行呢？希望指点下，多谢
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4楼2012-02-08 04:09:46
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