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wdali金虫 (正式写手)
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 理论计算及软件的使用 | gromacs |
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wdali
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2楼2010-10-25 10:42:14
xulinan
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wdali(金币+3): 2010-10-25 12:03:20
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-25 12:22:20
wdali(金币+3): 2010-10-25 12:03:20
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-25 12:22:20
3楼2010-10-25 11:47:41
xulinan
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程，有所了解，但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅，多谢 2010-10-27 08:47:04
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程，有所了解，但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅，多谢 2010-10-27 08:47:04
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1.打开“终端”输入自己要处理的文件“fws.pdb”所在的路径：cd /home/fws 回车 （这就进入了fws文件夹，linux不同于windows系统，它是一种开发环境，所有操作都可以甚至必须在命令行中完成） 2.由pdb文件生成.gro（结构文件）和.top（拓扑文件）： pdb2gmx –f fws.pdb –o fws.gro –p fws.top 回车 “选择力场”——“0”回车 （参数说明： -f 指定你的坐标，可以是pdb，gro等包含分子坐标的文件 -o 输出文件，也就是处理过的分子坐标文件，同样可以是pdb，gro等文件类型 -p 输出拓扑文件，pdb2gmx读入力场文件，根据坐标文件建立分子系统的拓扑） 3.生成溶剂盒子及加入溶剂 （1）生成盒子：editconf –bt cubic -f fws.gro -o fws.gro -d 0.7 回车 (参数说明： -f 指定你的坐标 -o 输出文件 -bt 盒子类型，有正方形，长方形…… -d 分子离盒子表面的最短距离，与bt配合使用) （2）加入溶剂：genbox -cp fws.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top 回车 (参数说明： -cp 指定带盒子参数的分子坐标文件 -cs 添加水分子模型，如spc216，spce等) 4.能量最小化 （1）预处理： grompp -f em.mdp -c fws_b4em.gro -p fws.top -o fws_em.tpr 回车 （参数说明： .mdp文件为分子动态参数文件包含分子动态仿真的所有信息，如时间，压力，温度等，需要自己编写，具体模板见附件） （2）能量优化： mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_b4pr.gro 回车 （注：能量最小化的目的是消除加入溶剂后分子内部的张力，并调整间距小于范德华半径的原子，使系统稳定） 5.位置限制的分子动力学优化： grompp -f pr.mdp -c fws_b4pr.gro -p fws.top -o fws_pr.tpr 回车 (参数说明：.tpr输入文件 .trr 轨迹文件) mdrun -s fws_pr.tpr -o fws_pr.trr -c fws_b4md.gro 回车 （注：位置限制分子动力学保持蛋白质的位置不变，对溶剂分子进行平衡计算，可以使溶剂分子填补空间空洞，这些可能存在的空洞是genbox程序产生的） 6. 无束缚条件下的完全动力学模拟： grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -p fws.top -o fws_md.tpr 回车 mdrun -s fws_md.tpr -o fws_md.trr -c fws_md.gro 回车 7. 查看结果 ngmx -f fws_md.trr -s fws_md.tpr 回车 结果分析： 1. 选择体系的一部分，以便分析 . 采用make_ndx 命令。 make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx > r 1 36 37 72 73 108 （按残基选择，还可按其他方式进行选择） > name 15 Terminal （对选择的这部分残基命令） > v （查看） > q (退出） 2.对比初始PDB文件与最后结构文件的差异： g_confrms -f1 fws.pdb -f2 fws_md.gro -o fit.pdb (fit.pdb文件包含两个位置重叠的结构) 3. 分析能量： g_energy –f ener.edr –o fws_pe.xvg 然后选择要输出的数据部分。 （注：.edr是系统能量文件，该文件记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用的能量等 .xvg文件是数据表需要Grace打开） 3. 分析原子的均方根偏差（RMSD）： g_rms –s fws_md.tpr –f fws_md.trr –o fws_rmsd.xvg 4.分析回旋半径变化 g_gyrate –f fws_md.trr –s fws_md.tpr –o fws_gyrate.xvg 原帖来自http://www.mdbbs.org/thread-2421 ... 怼ＯＭ阅阌邪镏� |
4楼2010-10-25 19:14:54
zhuhongaaa
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6楼2010-11-15 22:25:06
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7楼2011-01-13 23:54:10
a-jiao
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