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wdali

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起已有5人参与

小弟想哪位大哥大姐分享一个gromacs的教程，最好是中文的，包含安装，入门的内容，不胜感激。好人一生平安。

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统治这个世界的是想象力

1楼2010-10-25 08:45:28

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wdali

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哪位大仙行行好，教教小弟怎么在Linux上面安装gromacs吧

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统治这个世界的是想象力

2楼2010-10-25 10:42:14

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xulinan

木虫 (小有名气)

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★ ★
wdali(金币+3): 2010-10-25 12:03:20
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-25 12:22:20

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1748389&fpage=1这个帖子有翻译的tutor，可以先看下，但最好英文的，上官网就有

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3楼2010-10-25 11:47:41

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xulinan

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★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程，有所了解，但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅，多谢 2010-10-27 08:47:04

1.打开“终端”输入自己要处理的文件“fws.pdb”所在的路径：cd /home/fws 回车
（这就进入了fws文件夹，linux不同于windows系统，它是一种开发环境，所有操作都可以甚至必须在命令行中完成）

2.由pdb文件生成.gro（结构文件）和.top（拓扑文件）：

pdb2gmx –f fws.pdb –o fws.gro –p fws.top 回车

“选择力场”——“0”回车

（参数说明：
-f 指定你的坐标，可以是pdb，gro等包含分子坐标的文件
-o 输出文件，也就是处理过的分子坐标文件，同样可以是pdb，gro等文件类型
-p 输出拓扑文件，pdb2gmx读入力场文件，根据坐标文件建立分子系统的拓扑）

3.生成溶剂盒子及加入溶剂
（1）生成盒子：editconf –bt cubic  -f fws.gro -o fws.gro -d  0.7 回车
(参数说明：
-f 指定你的坐标
-o 输出文件
-bt 盒子类型，有正方形，长方形……
-d 分子离盒子表面的最短距离，与bt配合使用)
（2）加入溶剂：genbox -cp fws.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top 回车
(参数说明：
-cp 指定带盒子参数的分子坐标文件
-cs 添加水分子模型，如spc216，spce等)
4.能量最小化
（1）预处理：
grompp -f em.mdp -c fws_b4em.gro -p fws.top -o fws_em.tpr 回车
（参数说明：
.mdp文件为分子动态参数文件包含分子动态仿真的所有信息，如时间，压力，温度等，需要自己编写，具体模板见附件）
（2）能量优化：
mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_b4pr.gro 回车
（注：能量最小化的目的是消除加入溶剂后分子内部的张力，并调整间距小于范德华半径的原子，使系统稳定）

5.位置限制的分子动力学优化：
grompp -f pr.mdp -c fws_b4pr.gro  -p fws.top -o fws_pr.tpr 回车
(参数说明：.tpr输入文件 .trr 轨迹文件)

mdrun -s fws_pr.tpr -o fws_pr.trr -c  fws_b4md.gro 回车
（注：位置限制分子动力学保持蛋白质的位置不变，对溶剂分子进行平衡计算，可以使溶剂分子填补空间空洞，这些可能存在的空洞是genbox程序产生的）

6. 无束缚条件下的完全动力学模拟：

grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -p  fws.top -o  fws_md.tpr 回车
mdrun -s fws_md.tpr -o fws_md.trr -c fws_md.gro 回车

7. 查看结果
ngmx -f fws_md.trr -s fws_md.tpr 回车

结果分析：

1. 选择体系的一部分，以便分析 . 采用make_ndx 命令。
make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx
   > r 1 36 37 72 73 108 （按残基选择，还可按其他方式进行选择）
   > name 15 Terminal （对选择的这部分残基命令）
   > v  （查看）
   > q (退出）

2.对比初始PDB文件与最后结构文件的差异：
g_confrms -f1 fws.pdb -f2 fws_md.gro -o fit.pdb
(fit.pdb文件包含两个位置重叠的结构)

3. 分析能量：
g_energy –f  ener.edr  –o fws_pe.xvg
然后选择要输出的数据部分。
（注：.edr是系统能量文件，该文件记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用的能量等
.xvg文件是数据表需要Grace打开）

3. 分析原子的均方根偏差（RMSD）：
g_rms –s fws_md.tpr –f  fws_md.trr –o fws_rmsd.xvg

4.分析回旋半径变化
  g_gyrate –f fws_md.trr –s fws_md.tpr –o fws_gyrate.xvg

原帖来自http://www.mdbbs.org/thread-2421 ... 怼ＯＭ阅阌邪镏�

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4楼2010-10-25 19:14:54

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