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wdali

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起已有5人参与

小弟想哪位大哥大姐分享一个gromacs的教程，最好是中文的，包含安装，入门的内容，不胜感激。好人一生平安。

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统治这个世界的是想象力

1楼 2010-10-25 08:45:28

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wdali

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哪位大仙行行好，教教小弟怎么在Linux上面安装gromacs吧

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统治这个世界的是想象力

2楼2010-10-25 10:42:14

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xulinan

木虫 (小有名气)

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★ ★
wdali(金币+3): 2010-10-25 12:03:20
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-25 12:22:20

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1748389&fpage=1这个帖子有翻译的tutor，可以先看下，但最好英文的，上官网就有

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3楼2010-10-25 11:47:41

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xulinan

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★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程，有所了解，但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅，多谢 2010-10-27 08:47:04

1.??????????????????????????fws.pdb???????·????cd /home/fws ???
??????????fws????У?linux?????windows???????????????????????в???????????????????????????????

2.??pdb???????.gro???????????.top?????????????

pdb2gmx ?Cf fws.pdb ?Co fws.gro ?Cp fws.top ???

?????????????????0?????

???????????
-f ????????????????pdb??gro?????????????????
-o ?????????????????????????????????????????pdb??gro?????????
-p ????????????pdb2gmx?????????????????????????????????????????

3.???????????????????
??1??????????editconf ?Cbt cubic  -f fws.gro -o fws.gro -d  0.7 ???
(?????????
-f ??????????
-o ??????
-bt ????????????????Σ??????Ρ???
-d ?????????????????????bt??????)
??2???????????genbox -cp fws.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top ???
(?????????
-cp ????????????????????????
-cs ???????????????spc216??spce??)
4.??????С??
??1?????????
grompp -f em.mdp -c fws_b4em.gro -p fws.top -o fws_em.tpr ???
???????????
.mdp????????????????????????????????????????????????????????????????д????????????????
??2???????????
mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_b4pr.gro ???
???????????С?????????????????????????????????????????????С??????????????????????

5.λ???????????????????
grompp -f pr.mdp -c fws_b4pr.gro  -p fws.top -o fws_pr.tpr ???
(?????????.tpr??????? .trr ?????)

mdrun -s fws_pr.tpr -o fws_pr.trr -c  fws_b4md.gro ???
?????λ???????????????????????λ?ò????????????????????????????????????????????Щ????????????genbox??????????

6. ????????????????????????

grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -p  fws.top -o  fws_md.tpr ???
mdrun -s fws_md.tpr -o fws_md.trr -c fws_md.gro ???

7. ?????
ngmx -f fws_md.trr -s fws_md.tpr ???

?????????

1. ???????????????????? . ????make_ndx ???䶮
make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx
   > r 1 36 37 72 73 108 ?????л??????????????????????
   > name 15 Terminal ????????????л?????
   > v  ??????
   > q (?????

2.?????PDB?????????????????
g_confrms -f1 fws.pdb -f2 fws_md.gro -o fit.pdb
(fit.pdb???????????λ????????)

3. ??????????
g_energy ?Cf  ener.edr  ?Co fws_pe.xvg
????????????????????
?????.edr????????????????????????????????ж???????????????????????????
.xvg?????????????Grace???

3. ????????????????RMSD????
g_rms ?Cs fws_md.tpr ?Cf  fws_md.trr ?Co fws_rmsd.xvg

4.???????????仯
  g_gyrate ?Cf fws_md.trr ?Cs fws_md.tpr ?Co fws_gyrate.xvg

???????http://www.mdbbs.org/thread-2421 ... ???????????а?????

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4楼2010-10-25 19:14:54

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