24小时热门版块排行榜    

查看: 3660  |  回复: 8

wdali

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求一个gromacs的中文教程,包括安装的部分,小弟新手,从零学起 已有5人参与

小弟想哪位大哥大姐分享一个gromacs的教程,最好是中文的,包含安装,入门的内容,不胜感激。好人一生平安。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

理论计算及软件的使用 gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

统治这个世界的是想象力
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wdali

金虫 (正式写手)

哪位大仙行行好,教教小弟怎么在Linux上面安装gromacs吧
统治这个世界的是想象力
2楼2010-10-25 10:42:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)

3楼2010-10-25 11:47:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程,有所了解,但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅,多谢 2010-10-27 08:47:04
1.??????????????????????????fws.pdb???????·????cd /home/fws ???
??????????fws????У?linux?????windows???????????????????????в???????????????????????????????

2.??pdb???????.gro???????????.top?????????????

pdb2gmx ?Cf fws.pdb ?Co fws.gro ?Cp fws.top ???

?????????????????0?????

???????????
-f ????????????????pdb??gro?????????????????
-o ?????????????????????????????????????????pdb??gro?????????
-p ????????????pdb2gmx?????????????????????????????????????????

3.???????????????????
??1??????????editconf ?Cbt cubic  -f fws.gro -o fws.gro -d  0.7 ???
(?????????
-f ??????????
-o ??????
-bt ????????????????Σ??????Ρ???
-d ?????????????????????bt??????)
??2???????????genbox -cp fws.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top ???
(?????????
-cp ????????????????????????
-cs ???????????????spc216??spce??)
4.??????С??
??1?????????
grompp -f em.mdp -c fws_b4em.gro -p fws.top -o fws_em.tpr ???
???????????
.mdp????????????????????????????????????????????????????????????????д????????????????
??2???????????
mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_b4pr.gro ???
???????????С?????????????????????????????????????????????С??????????????????????

5.λ???????????????????
grompp -f pr.mdp -c fws_b4pr.gro  -p fws.top -o fws_pr.tpr ???
(?????????.tpr??????? .trr ?????)

mdrun -s fws_pr.tpr -o fws_pr.trr -c  fws_b4md.gro ???
?????λ???????????????????????λ?ò????????????????????????????????????????????Щ????????????genbox??????????


6. ????????????????????????

grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -p  fws.top -o  fws_md.tpr ???
mdrun -s fws_md.tpr -o fws_md.trr -c fws_md.gro ???


7. ?????
ngmx -f fws_md.trr -s fws_md.tpr ???



?????????

1. ???????????????????? . ????make_ndx ???䶮
    make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx
     > r 1 36 37 72 73 108 ?????л??????????????????????
     > name 15 Terminal ????????????л?????
     > v  ??????
     > q   (?????

2.?????PDB?????????????????
g_confrms -f1 fws.pdb -f2 fws_md.gro -o fit.pdb
(fit.pdb???????????λ????????)

3. ??????????
    g_energy ?Cf  ener.edr  ?Co fws_pe.xvg
    ????????????????????
?????.edr????????????????????????????????ж???????????????????????????
.xvg?????????????Grace???

3. ????????????????RMSD????
    g_rms ?Cs fws_md.tpr ?Cf  fws_md.trr ?Co fws_rmsd.xvg

4.???????????仯
  g_gyrate ?Cf fws_md.trr ?Cs fws_md.tpr ?Co fws_gyrate.xvg


???????http://www.mdbbs.org/thread-2421 ... ???????????а?????
4楼2010-10-25 19:14:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)


zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-31 08:27:12
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
5楼2010-10-30 13:26:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yipan01

铁杆木虫 (著名写手)

决定经常来学习了!
6楼2010-11-15 22:25:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghgh61948

禁虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽

7楼2011-01-13 23:54:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a-jiao

新虫 (初入文坛)

受益了
8楼2013-01-30 22:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
9楼2013-02-26 22:41:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wdali 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 296求调剂 +6 www_q 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:56 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 广西大学家禽遗传育种课题组2026年硕士招生(接收计算机专业调剂) +3 123阿标 2026-03-17 3/150 2026-03-20 15:58 by 飞行琦
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +10 慕寒mio 2026-03-16 10/500 2026-03-19 15:26 by 丁丁*
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +3 llllkkkhh 2026-03-18 3/150 2026-03-19 14:22 by houyaoxu
[考研] 311求调剂 +11 冬十三 2026-03-15 12/600 2026-03-18 14:36 by 星空星月
[考研] 304求调剂 +12 小熊joy 2026-03-14 13/650 2026-03-18 12:34 by Linda Hu
[考研] 303求调剂 +4 睿08 2026-03-17 6/300 2026-03-18 11:01 by Iveryant
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
信息提示
请填处理意见