| 查看: 3726 | 回复: 8 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
wdali金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起 已有5人参与
|
||||
| 小弟想哪位大哥大姐分享一个gromacs的教程，最好是中文的，包含安装，入门的内容，不胜感激。好人一生平安。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 理论计算及软件的使用 | gromacs |
» 猜你喜欢
296求调剂
已经有6人回复
-
267求调剂
已经有4人回复
-
26自然地理学303分求调剂
已经有10人回复
-
271求调剂
已经有11人回复
-
电子信息270求调剂
已经有12人回复
-
一志愿211生物学280分 求调剂
已经有7人回复
-
0854调剂
已经有12人回复
-
085400 328分 求调剂
已经有13人回复
-
化学308分求调剂
已经有24人回复
-
0703化学
已经有42人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- 田英章书法家行书教程
已经有7人回复
- 麻烦各位大侠帮小弟看看这是哪类陶瓷？
已经有5人回复
- 初出茅庐——小弟询问关于参考文献
已经有5人回复
- gromacs中文教程
已经有488人回复
- [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令
已经有9人回复
- Ubuntu 下自动安装gromacs
已经有11人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
已经有7人回复
yipan01
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 23635.2
- 散金: 86
- 红花: 1
- 帖子: 1854
- 在线: 3322.8小时
- 虫号: 279731
- 注册: 2006-09-16
- 性别: GG
- 专业: 泛函分析
6楼2010-11-15 22:25:06
wdali
金虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1687.8
- 散金: 51
- 红花: 6
- 帖子: 623
- 在线: 245.9小时
- 虫号: 779440
- 注册: 2009-05-25
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
2楼2010-10-25 10:42:14
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
★ ★
wdali(金币+3): 2010-10-25 12:03:20
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-25 12:22:20
wdali(金币+3): 2010-10-25 12:03:20
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-25 12:22:20
3楼2010-10-25 11:47:41
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程，有所了解，但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅，多谢 2010-10-27 08:47:04
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程，有所了解，但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅，多谢 2010-10-27 08:47:04
|
1.??????????????????????????fws.pdb???????·????cd /home/fws ??? ??????????fws????У?linux?????windows???????????????????????в??????????????????????????????? 2.??pdb???????.gro???????????.top????????????? pdb2gmx ?Cf fws.pdb ?Co fws.gro ?Cp fws.top ??? ?????????????????0????? ??????????? -f ????????????????pdb??gro????????????????? -o ?????????????????????????????????????????pdb??gro????????? -p ????????????pdb2gmx????????????????????????????????????????? 3.??????????????????? ??1??????????editconf ?Cbt cubic -f fws.gro -o fws.gro -d 0.7 ??? (????????? -f ?????????? -o ?????? -bt ????????????????Σ??????Ρ??? -d ?????????????????????bt??????) ??2???????????genbox -cp fws.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top ??? (????????? -cp ???????????????????????? -cs ???????????????spc216??spce??) 4.??????С?? ??1????????? grompp -f em.mdp -c fws_b4em.gro -p fws.top -o fws_em.tpr ??? ??????????? .mdp????????????????????????????????????????????????????????????????д???????????????? ??2??????????? mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_b4pr.gro ??? ???????????С?????????????????????????????????????????????С?????????????????????? 5.λ??????????????????? grompp -f pr.mdp -c fws_b4pr.gro -p fws.top -o fws_pr.tpr ??? (?????????.tpr??????? .trr ?????) mdrun -s fws_pr.tpr -o fws_pr.trr -c fws_b4md.gro ??? ?????λ???????????????????????λ?ò????????????????????????????????????????????Щ????????????genbox?????????? 6. ???????????????????????? grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -p fws.top -o fws_md.tpr ??? mdrun -s fws_md.tpr -o fws_md.trr -c fws_md.gro ??? 7. ????? ngmx -f fws_md.trr -s fws_md.tpr ??? ????????? 1. ???????????????????? . ????make_ndx ???䶮 make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx > r 1 36 37 72 73 108 ?????л?????????????????????? > name 15 Terminal ????????????л????? > v ?????? > q (????? 2.?????PDB????????????????? g_confrms -f1 fws.pdb -f2 fws_md.gro -o fit.pdb (fit.pdb???????????λ????????) 3. ?????????? g_energy ?Cf ener.edr ?Co fws_pe.xvg ???????????????????? ?????.edr????????????????????????????????ж??????????????????????????? .xvg?????????????Grace??? 3. ????????????????RMSD???? g_rms ?Cs fws_md.tpr ?Cf fws_md.trr ?Co fws_rmsd.xvg 4.???????????仯 g_gyrate ?Cf fws_md.trr ?Cs fws_md.tpr ?Co fws_gyrate.xvg ???????http://www.mdbbs.org/thread-2421 ... ???????????а????? |
4楼2010-10-25 19:14:54
100