24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3724  |  回复: 8

wdali

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求一个gromacs的中文教程,包括安装的部分,小弟新手,从零学起 已有5人参与

小弟想哪位大哥大姐分享一个gromacs的教程,最好是中文的,包含安装,入门的内容,不胜感激。好人一生平安。
回复此楼
统治这个世界的是想象力
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wdali

金虫 (正式写手)

哪位大仙行行好,教教小弟怎么在Linux上面安装gromacs吧
统治这个世界的是想象力
2楼2010-10-25 10:42:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)

3楼2010-10-25 11:47:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程,有所了解,但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅,多谢 2010-10-27 08:47:04
1.??????????????????????????fws.pdb???????·????cd /home/fws ???
??????????fws????У?linux?????windows???????????????????????в???????????????????????????????

2.??pdb???????.gro???????????.top?????????????

pdb2gmx ?Cf fws.pdb ?Co fws.gro ?Cp fws.top ???

?????????????????0?????

???????????
-f ????????????????pdb??gro?????????????????
-o ?????????????????????????????????????????pdb??gro?????????
-p ????????????pdb2gmx?????????????????????????????????????????

3.???????????????????
??1??????????editconf ?Cbt cubic  -f fws.gro -o fws.gro -d  0.7 ???
(?????????
-f ??????????
-o ??????
-bt ????????????????Σ??????Ρ???
-d ?????????????????????bt??????)
??2???????????genbox -cp fws.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top ???
(?????????
-cp ????????????????????????
-cs ???????????????spc216??spce??)
4.??????С??
??1?????????
grompp -f em.mdp -c fws_b4em.gro -p fws.top -o fws_em.tpr ???
???????????
.mdp????????????????????????????????????????????????????????????????д????????????????
??2???????????
mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_b4pr.gro ???
???????????С?????????????????????????????????????????????С??????????????????????

5.λ???????????????????
grompp -f pr.mdp -c fws_b4pr.gro  -p fws.top -o fws_pr.tpr ???
(?????????.tpr??????? .trr ?????)

mdrun -s fws_pr.tpr -o fws_pr.trr -c  fws_b4md.gro ???
?????λ???????????????????????λ?ò????????????????????????????????????????????Щ????????????genbox??????????


6. ????????????????????????

grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -p  fws.top -o  fws_md.tpr ???
mdrun -s fws_md.tpr -o fws_md.trr -c fws_md.gro ???


7. ?????
ngmx -f fws_md.trr -s fws_md.tpr ???



?????????

1. ???????????????????? . ????make_ndx ???䶮
    make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx
     > r 1 36 37 72 73 108 ?????л??????????????????????
     > name 15 Terminal ????????????л?????
     > v  ??????
     > q   (?????

2.?????PDB?????????????????
g_confrms -f1 fws.pdb -f2 fws_md.gro -o fit.pdb
(fit.pdb???????????λ????????)

3. ??????????
    g_energy ?Cf  ener.edr  ?Co fws_pe.xvg
    ????????????????????
?????.edr????????????????????????????????ж???????????????????????????
.xvg?????????????Grace???

3. ????????????????RMSD????
    g_rms ?Cs fws_md.tpr ?Cf  fws_md.trr ?Co fws_rmsd.xvg

4.???????????仯
  g_gyrate ?Cf fws_md.trr ?Cs fws_md.tpr ?Co fws_gyrate.xvg


???????http://www.mdbbs.org/thread-2421 ... ???????????а?????
4楼2010-10-25 19:14:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)


zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-31 08:27:12
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
5楼2010-10-30 13:26:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yipan01

铁杆木虫 (著名写手)

决定经常来学习了!
6楼2010-11-15 22:25:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghgh61948

禁虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽

7楼2011-01-13 23:54:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a-jiao

新虫 (初入文坛)

受益了
8楼2013-01-30 22:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
9楼2013-02-26 22:41:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wdali 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 290求调剂 +6 luoziheng 2026-04-10 6/300 2026-04-10 23:22 by babysonlkd
[考研] 求调剂 +5 不会飞的鱼@ 2026-04-10 5/250 2026-04-10 19:07 by chemisry
[考研] 0856专硕求调剂 希望是a区院校 +21 好好休息好不好 2026-04-09 24/1200 2026-04-10 16:58 by luoyongfeng
[考研] 一志愿0703化学招61最终排名62化学求调剂 +24 招61排名62 2026-04-07 28/1400 2026-04-10 16:15 by yx54321
[考研] 285求调剂 +9 AZMK 2026-04-07 11/550 2026-04-10 15:24 by AZMK
[考研] 求调剂 +11 雪逢冬 2026-04-10 11/550 2026-04-10 14:38 by Abskk
[考研] 调剂 +24 不逢春 2026-04-07 25/1250 2026-04-10 09:39 by 690616278
[考研] 296求调剂 +6 汪!?! 2026-04-09 6/300 2026-04-09 20:49 by lbsjt
[考研] 化工求调剂! +34 RichLi_ 2026-04-06 34/1700 2026-04-09 20:39 by zhouxiaoyu
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +9 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-09 10/500 2026-04-09 20:01 by Orcid
[考研] 电子信息270求调剂 +11 terminal469 2026-04-07 11/550 2026-04-09 18:28 by hy861222
[考研] 274求调剂 +5 山阿蔓 2026-04-07 5/250 2026-04-09 15:28 by 18828373951
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +10 vants 2026-04-05 11/550 2026-04-08 16:02 by screening
[考研] 调剂 +3 电气300求调剂不 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:39 by 电气300求调剂不
[考研] 机械工程264学硕求调剂 +3 qiushangxian 2026-04-06 3/150 2026-04-08 01:53 by Linzejun
[考研] 生物医药调剂|SCI中科院三区一作+多项科研成果 +8 likangxing 2026-04-07 11/550 2026-04-08 00:02 by lys0704
[考研] 325 调剂 +6 QQ小虾 2026-04-07 6/300 2026-04-07 15:17 by Ccclqqq
[考研] 22408 331分求调剂 +4 y__1 2026-04-06 4/200 2026-04-06 17:26 by 土木硕士招生
[考研] 0857大类环境工程B区求调剂 +3 龚禹铭 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿沪9,求生物学调剂,326分 +6 刘墨墨 2026-04-04 6/300 2026-04-04 19:44 by 唐沐儿
信息提示
请填处理意见