24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3712  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wdali

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求一个gromacs的中文教程,包括安装的部分,小弟新手,从零学起 已有5人参与

小弟想哪位大哥大姐分享一个gromacs的教程,最好是中文的,包含安装,入门的内容,不胜感激。好人一生平安。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

理论计算及软件的使用 gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

统治这个世界的是想象力
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghgh61948

禁虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽

7楼2011-01-13 23:54:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

wdali

金虫 (正式写手)

哪位大仙行行好,教教小弟怎么在Linux上面安装gromacs吧
统治这个世界的是想象力
2楼2010-10-25 10:42:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)

3楼2010-10-25 11:47:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程,有所了解,但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅,多谢 2010-10-27 08:47:04
1.??????????????????????????fws.pdb???????·????cd /home/fws ???
??????????fws????У?linux?????windows???????????????????????в???????????????????????????????

2.??pdb???????.gro???????????.top?????????????

pdb2gmx ?Cf fws.pdb ?Co fws.gro ?Cp fws.top ???

?????????????????0?????

???????????
-f ????????????????pdb??gro?????????????????
-o ?????????????????????????????????????????pdb??gro?????????
-p ????????????pdb2gmx?????????????????????????????????????????

3.???????????????????
??1??????????editconf ?Cbt cubic  -f fws.gro -o fws.gro -d  0.7 ???
(?????????
-f ??????????
-o ??????
-bt ????????????????Σ??????Ρ???
-d ?????????????????????bt??????)
??2???????????genbox -cp fws.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top ???
(?????????
-cp ????????????????????????
-cs ???????????????spc216??spce??)
4.??????С??
??1?????????
grompp -f em.mdp -c fws_b4em.gro -p fws.top -o fws_em.tpr ???
???????????
.mdp????????????????????????????????????????????????????????????????д????????????????
??2???????????
mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_b4pr.gro ???
???????????С?????????????????????????????????????????????С??????????????????????

5.λ???????????????????
grompp -f pr.mdp -c fws_b4pr.gro  -p fws.top -o fws_pr.tpr ???
(?????????.tpr??????? .trr ?????)

mdrun -s fws_pr.tpr -o fws_pr.trr -c  fws_b4md.gro ???
?????λ???????????????????????λ?ò????????????????????????????????????????????Щ????????????genbox??????????


6. ????????????????????????

grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -p  fws.top -o  fws_md.tpr ???
mdrun -s fws_md.tpr -o fws_md.trr -c fws_md.gro ???


7. ?????
ngmx -f fws_md.trr -s fws_md.tpr ???



?????????

1. ???????????????????? . ????make_ndx ???䶮
    make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx
     > r 1 36 37 72 73 108 ?????л??????????????????????
     > name 15 Terminal ????????????л?????
     > v  ??????
     > q   (?????

2.?????PDB?????????????????
g_confrms -f1 fws.pdb -f2 fws_md.gro -o fit.pdb
(fit.pdb???????????λ????????)

3. ??????????
    g_energy ?Cf  ener.edr  ?Co fws_pe.xvg
    ????????????????????
?????.edr????????????????????????????????ж???????????????????????????
.xvg?????????????Grace???

3. ????????????????RMSD????
    g_rms ?Cs fws_md.tpr ?Cf  fws_md.trr ?Co fws_rmsd.xvg

4.???????????仯
  g_gyrate ?Cf fws_md.trr ?Cs fws_md.tpr ?Co fws_gyrate.xvg


???????http://www.mdbbs.org/thread-2421 ... ???????????а?????
4楼2010-10-25 19:14:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 080500求调剂 +14 黄宇博 2026-04-06 14/700 2026-04-10 13:09 by vgtyfty
[考研] 287求调剂 +14 Fnhc 2026-04-07 20/1000 2026-04-10 12:57 by 希望之星2024
[考研] 362求调剂 +9 我要考大 2026-04-06 13/650 2026-04-10 11:28 by may_新宇
[考研] 302分求调剂 +7 凡语祈愿 2026-04-08 8/400 2026-04-10 10:28 by Delta2012
[考研] 生物学调剂 可调剂到生物与医药 +6 李政莹 2026-04-06 7/350 2026-04-10 10:09 by 314126402
[考研] 283求调剂 +20 那个噜子 2026-04-09 20/1000 2026-04-10 09:50 by liuhuiying09
[考研] 材料工程日语考生求调剂 +3 0856?调剂 2026-04-10 3/150 2026-04-10 09:45 by yutian743
[考研] 调剂 +24 不逢春 2026-04-07 25/1250 2026-04-10 09:39 by 690616278
[考研] 314求调剂 +14 weltZeng 2026-04-09 14/700 2026-04-09 23:14 by wolf97
[考研] 267求调剂 +5 再忙也要吃饭啊 2026-04-09 5/250 2026-04-09 18:47 by stone_128
[考研] 材料299专硕求调剂 +10 +21 2026-04-09 10/500 2026-04-09 17:34 by 1753564080
[考研] 复试调剂,一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +18 梁富贵险中求 2026-04-04 20/1000 2026-04-09 11:18 by 哒哒哒呱呱呱
[考研] 调剂求助(生物与医药) +6 @6952 2026-04-06 6/300 2026-04-07 23:52 by lys0704
[考研] 301求调剂 +18 121. 2026-04-04 18/900 2026-04-07 17:49 by 蓝云思雨
[考研] 22408 318分求调剂 +4 勤奋的小笼包 2026-04-06 6/300 2026-04-07 15:05 by 纸鹤555
[考研] 复试调剂 +5 asdasdassda 2026-04-05 5/250 2026-04-06 09:32 by dongzh2009
[考研] 26调剂 086003 +6 失活的细胞 2026-04-04 6/300 2026-04-04 09:50 by zhangdingwa
[考研] 357求调剂 +13 1050389037 2026-04-03 13/650 2026-04-03 22:27 by 无际的草原
[考研] 本科985,专业0812分336求调剂 +4 莫莫很行 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:31 by zhq0425
信息提示
请填处理意见