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wdali

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求一个gromacs的中文教程,包括安装的部分,小弟新手,从零学起 已有5人参与

小弟想哪位大哥大姐分享一个gromacs的教程,最好是中文的,包含安装,入门的内容,不胜感激。好人一生平安。
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统治这个世界的是想象力
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ghgh61948

禁虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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7楼2011-01-13 23:54:10
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wdali

金虫 (正式写手)

哪位大仙行行好,教教小弟怎么在Linux上面安装gromacs吧
统治这个世界的是想象力
2楼2010-10-25 10:42:14
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xulinan

木虫 (小有名气)

3楼2010-10-25 11:47:41
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xulinan

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-10-26 11:57:17
wdali(金币+7):昨天我看了一下教程,有所了解,但是阁下提供的仍是让在下受益匪浅,多谢 2010-10-27 08:47:04
1.??????????????????????????fws.pdb???????·????cd /home/fws ???
??????????fws????У?linux?????windows???????????????????????в???????????????????????????????

2.??pdb???????.gro???????????.top?????????????

pdb2gmx ?Cf fws.pdb ?Co fws.gro ?Cp fws.top ???

?????????????????0?????

???????????
-f ????????????????pdb??gro?????????????????
-o ?????????????????????????????????????????pdb??gro?????????
-p ????????????pdb2gmx?????????????????????????????????????????

3.???????????????????
??1??????????editconf ?Cbt cubic  -f fws.gro -o fws.gro -d  0.7 ???
(?????????
-f ??????????
-o ??????
-bt ????????????????Σ??????Ρ???
-d ?????????????????????bt??????)
??2???????????genbox -cp fws.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top ???
(?????????
-cp ????????????????????????
-cs ???????????????spc216??spce??)
4.??????С??
??1?????????
grompp -f em.mdp -c fws_b4em.gro -p fws.top -o fws_em.tpr ???
???????????
.mdp????????????????????????????????????????????????????????????????д????????????????
??2???????????
mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_b4pr.gro ???
???????????С?????????????????????????????????????????????С??????????????????????

5.λ???????????????????
grompp -f pr.mdp -c fws_b4pr.gro  -p fws.top -o fws_pr.tpr ???
(?????????.tpr??????? .trr ?????)

mdrun -s fws_pr.tpr -o fws_pr.trr -c  fws_b4md.gro ???
?????λ???????????????????????λ?ò????????????????????????????????????????????Щ????????????genbox??????????


6. ????????????????????????

grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -p  fws.top -o  fws_md.tpr ???
mdrun -s fws_md.tpr -o fws_md.trr -c fws_md.gro ???


7. ?????
ngmx -f fws_md.trr -s fws_md.tpr ???



?????????

1. ???????????????????? . ????make_ndx ???䶮
    make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx
     > r 1 36 37 72 73 108 ?????л??????????????????????
     > name 15 Terminal ????????????л?????
     > v  ??????
     > q   (?????

2.?????PDB?????????????????
g_confrms -f1 fws.pdb -f2 fws_md.gro -o fit.pdb
(fit.pdb???????????λ????????)

3. ??????????
    g_energy ?Cf  ener.edr  ?Co fws_pe.xvg
    ????????????????????
?????.edr????????????????????????????????ж???????????????????????????
.xvg?????????????Grace???

3. ????????????????RMSD????
    g_rms ?Cs fws_md.tpr ?Cf  fws_md.trr ?Co fws_rmsd.xvg

4.???????????仯
  g_gyrate ?Cf fws_md.trr ?Cs fws_md.tpr ?Co fws_gyrate.xvg


???????http://www.mdbbs.org/thread-2421 ... ???????????а?????
4楼2010-10-25 19:14:54
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