应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问gromacs并行命令
51/1返回列表
查看: 1579  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

patent

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问gromacs并行命令 已有4人参与

我在四核的电脑上安装了并行的gromacs-4.0.7
请问并行命令是怎样的呀
如：pdb2gmx
editconf
genbox
grompp
mdrun
这些命令怎样写成并行命令呢
谢谢

[ Last edited by patent on 2010-6-15 at 10:03 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-14 22:28:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

patent

至尊木虫 (正式写手)
我用mdrun_mpi命令跑动力学时
cpu只用了一个核运算（如下图），怎样才能用四个核运算呢，谢谢
赞一下 回复此楼
2楼2010-06-15 12:28:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
雪狼乖乖(金币+3):谢谢你 2010-06-15 16:13:09
patent(金币+2):谢谢！！！ 2010-06-21 09:17:43
首先你要安装mpi等并行相关软件，然后不要安装已经编译好的gromacs，这些编译好的软件默认下不支持并行，推荐自己手动编译安装gromacs，在./configure 的时候打开并行开关，使用的时候加上并行选项就可以了，具体你可以看看mdbbs和gromacs上面的install安装说明
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-06-15 12:33:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-16 16:05:40
patent(金币+3):谢谢！！！ 2010-06-21 09:18:06
以LAM为例，只需运行时 mpirun -np x mdrun，x为你需要的核数
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-06-16 15:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-16 19:56:59
patent(金币+5):谢谢！！！ 2010-06-21 09:18:29
对于OpenMPI，运行命令：mpirun -np x mdrun_mpi ......
然后另开一个终端，运行命令：top 1
查看是否为期望的结果

[ Last edited by xiaowu759 on 2010-6-16 at 17:09 ]
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-06-16 17:08:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 patent 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 Ocx3OKOzGU4q 2026-08-03 7/350 2026-08-04 13:22 by jzdxtiUmJ6PL
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 Ocx3OKOzGU4q 2026-08-03 8/400 2026-08-04 13:15 by jzdxtiUmJ6PL
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 Ocx3OKOzGU4q 2026-08-03 8/400 2026-08-04 13:15 by jzdxtiUmJ6PL
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 11/550 2026-08-04 12:58 by jzdxtiUmJ6PL
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Ocx3OKOzGU4q 2026-08-03 6/300 2026-08-04 11:34 by MWRYsWbJw4DE
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 Ocx3OKOzGU4q 2026-08-03 7/350 2026-08-04 11:31 by MWRYsWbJw4DE
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 Ocx3OKOzGU4q 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:26 by MWRYsWbJw4DE
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 9/450 2026-08-04 09:17 by v1TJC4qJauAB
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 10/500 2026-08-04 09:15 by v1TJC4qJauAB
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +12 winnerche 2026-07-29 16/800 2026-08-04 08:18 by Equinoxhua
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 10/500 2026-08-04 08:05 by 88817753
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 9/450 2026-08-04 07:37 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 13/650 2026-08-04 07:30 by k7OM8YghWbkC
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 6/300 2026-08-04 06:10 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 6/300 2026-08-04 04:47 by k7OM8YghWbkC
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 04:46 by k7OM8YghWbkC
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
[高分子] UV压敏胶开发 +3 ichall 2026-07-30 5/250 2026-08-03 14:40 by Sunrisepay
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +19 低垂的野花 2026-07-31 25/1250 2026-08-03 09:25 by gy116024
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +15 wangze12014 2026-07-28 19/950 2026-08-02 20:05 by 蔡棒棒菂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭