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dndxwoaini

新虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】gromacs 并行 mpirun 已有4人参与

gmx4.05  我用下面这个命令也能跑起来,也显示2个cpu在工作,可是所化的时间和不并行是一样的,甚至还多点,为什么?
mpirun  C mdrun -s topol.tpr
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

命令行有错误吧?
2楼2011-03-16 20:27:38
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-25 13:19:53
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-05 19:50:36
引用回帖:
Originally posted by dndxwoaini at 2011-03-16 00:03:50:
gmx4.05  我用下面这个命令也能跑起来,也显示2个cpu在工作,可是所化的时间和不并行是一样的,甚至还多点,为什么?
mpirun  C mdrun -s topol.tpr

这个问题我也遇到过,请教了很多人还是没有解决,不知道是不是并行程序和你的CPU兼容性不好的原因,我是直接安装了GMX4.5.3之后好用的,我的CPU是I3,用的是CMAKE编译。
3楼2011-03-16 22:40:08
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dndxwoaini

新虫 (小有名气)

谢谢,问题已解决,重新安装了就好了
4楼2011-03-25 12:12:33
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datian827

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这个问题我也纠结了好几天了,看了这个帖子后,我果断决定,换个版本试试
5楼2011-04-04 21:38:47
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