| 查看: 2930 | 回复: 5 | ||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||
[求助]
求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
|
||||
本人最近在研究糖蛋白的模拟，做出pdb结构文件后，找不到合适的力场，查资料只有Glycam力场适合，但又苦于自己是个新手，寻找不到力场数据包。。还望哪位好心人给传一份吧？？非常感谢！！ [ Last edited by ben_ladeng on 2011-12-22 at 19:03 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs | 力场 |
» 猜你喜欢
这种人痛苦吗
已经有14人回复
-
我感觉当老师好累啊。。
已经有9人回复
-
评正教授需要两个国家级项目，有人用子课题糊弄，结果在评审前资格公示时被举报拿下了
已经有31人回复
-
chemical science和advanced science哪个好一点
已经有6人回复
-
国内期刊审稿人数量
已经有5人回复
-
中南大学 粉末冶金国家重点实验室 陈超教授课题组拟招收 1~2位博士研究生通知
已经有18人回复
-
angew三个小修，返修过去已经20多天了没动静，有朋友遇到这种情况吗？
已经有5人回复
-
随缘读博 一篇中科院一区Top 一篇中科院二区Top 两篇专利
已经有15人回复
-
找不到审稿人
已经有6人回复
-
职称论文
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 非常好的几位国外朋友，带点什么礼物去比较合适？
已经有13人回复
- 肿么办？求助啊~~~~~真的感谢
已经有8人回复
- 求华南理工化工硕士就业去向！非常感谢，考研上海交大化工怎么样？？
已经有10人回复
- 济南市哪所医院治疗耳鸣比较专业呢？非常感谢！
已经有5人回复
- 耳鸣的困扰！求助，非常感谢！
已经有10人回复
- 请帮忙翻译一个摘要，汉译英，很短的。急用，最好能在明早9点之前，非常感谢！
已经有5人回复
- 不能说的秘密，感谢数学版的各位虫子
已经有96人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【交流】非常感谢xi2004老师，送金币是只表达我的心意，请老师领金币
已经有13人回复
shengxiang
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 33 (小学生)
- 金币: 804.5
- 散金: 2572
- 红花: 9
- 帖子: 1460
- 在线: 154小时
- 虫号: 800854
- 注册: 2009-06-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): EPI鼓励原创，此解答在分子模拟论坛已有，http://www.mdbbs.org/thread-215-1-1.html 2011-12-21 18:40:01
陈应广(金币+8): ★★★很有帮助 谢谢您的帮助！ 2011-12-22 09:34:23
jiaoyixiong(金币+10, 模拟EPI+1): 鼓励交流 2011-12-22 14:11:05
御剑江湖(金币+3): EPI鼓励原创，此解答在分子模拟论坛已有，http://www.mdbbs.org/thread-215-1-1.html 2011-12-21 18:40:01
陈应广(金币+8): ★★★很有帮助 谢谢您的帮助！ 2011-12-22 09:34:23
jiaoyixiong(金币+10, 模拟EPI+1): 鼓励交流 2011-12-22 14:11:05
|
gromacs中添加amber力场有两种方法：(1)从http://ffamber.cnsm.csulb.edu/上下载对应于你的gromacs版本的amber力场参数文件，具体的步骤如下： Installation & Testing: (1) Install the desired GROMACS distribution (v3.1.4, v3.2.1, v3.3, or v3.3.1). (2) Download the appropriate ffamber ports (.tar.gz) with or without pdf documentation from the table below, being sure that the version number you choose matches the version of GROMACS you are using. (3) Unzip/untar the downloaded tar.gz file. (4) Copy aminoacids.dat and vdwradii.dat to the "top" directory in your gromacs distribution (you should see force field files there, such as ffoplsaa.*). If you plan on simulating nucleic acids, refer to the note for nucleic acids in aminoacids.dat below. (5) Files for each force field are located in a seperate subdirectory, such as ffamber94/ for the Cornell potential. Copy the desired ffamber* files to the top directory in your gromacs distribution. (6) Increment the number at the top of the "top/FF.dat" file by 1 for each AMBER port you'll install (so that it matches the total number of forcefields available in the "top" directory). (7) Add lines like the following to the "top/FF.dat" file. These are used by pdb2gmx to allow you to identify the desired FF and field 1 must match the ffamber* filename prefixes, whereas the following fields can be user-defined: ffamber94 AMBER94 Cornell protein/nucleic forcefield ffamber99 AMBER99 Wang protein/nucleic acid forcefield ffamber99p AMBER99p protein/nucleic forcefield ffamber03 AMBER03 Duan protein/nucleic forcefield (8) Locate the GMXRC in your GROMACS distribution and run `source GMXRC`. (9) Run `pdb2gmx -H14 -f any.pdb` with any pdb to verify that these force fields are now seen by GROMACS. Working example .pdb files are available below, alongside pre-prepared gro and top files (GROMACS 3.1.4 / AMBER94) to which you can compare your resulting files. (2).你可以编译高版本的gromacs，例如4.5，里面自带了amber力场，免去了另外安装的麻烦~ |
5楼2011-12-21 18:35:56
2楼2011-12-19 14:25:43
shengxiang
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 33 (小学生)
- 金币: 804.5
- 散金: 2572
- 红花: 9
- 帖子: 1460
- 在线: 154小时
- 虫号: 800854
- 注册: 2009-06-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
陈应广(金币+2): ★有帮助 谢谢您的帮助！我主要是想要一份能在Gromacs里运行的Glycam数据包，哪位好心人帮忙给传一份？ 2011-12-21 09:14:34
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-21 18:44:15
感谢参与，应助指数 +1
陈应广(金币+2): ★有帮助 谢谢您的帮助！我主要是想要一份能在Gromacs里运行的Glycam数据包，哪位好心人帮忙给传一份？ 2011-12-21 09:14:34
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-21 18:44:15
3楼2011-12-21 08:54:51
4楼2011-12-21 09:18:23
shengxiang
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 33 (小学生)
- 金币: 804.5
- 散金: 2572
- 红花: 9
- 帖子: 1460
- 在线: 154小时
- 虫号: 800854
- 注册: 2009-06-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 同一解答不得多少授予EPIO,http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=3959648&page=1#pid5 2011-12-22 14:56:10
御剑江湖(金币+4): 同一解答不得多少授予EPIO,http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=3959648&page=1#pid5 2011-12-22 14:56:10
|
gromacs中添加amber力场有两种方法： (1)从http://ffamber.cnsm.csulb.edu/上下载对应于你的gromacs版本的amber力场参数文件，具体的步骤如下： Installation & Testing: (1) Install the desired GROMACS distribution (v3.1.4, v3.2.1, v3.3, or v3.3.1). (2) Download the appropriate ffamber ports (.tar.gz) with or without pdf documentation from the table below, being sure that the version number you choose matches the version of GROMACS you are using. (3) Unzip/untar the downloaded tar.gz file. (4) Copy aminoacids.dat and vdwradii.dat to the "top" directory in your gromacs distribution (you should see force field files there, such as ffoplsaa.*). If you plan on simulating nucleic acids, refer to the note for nucleic acids in aminoacids.dat below. (5) Files for each force field are located in a seperate subdirectory, such as ffamber94/ for the Cornell potential. Copy the desired ffamber* files to the top directory in your gromacs distribution. (6) Increment the number at the top of the "top/FF.dat" file by 1 for each AMBER port you'll install (so that it matches the total number of forcefields available in the "top" directory). (7) Add lines like the following to the "top/FF.dat" file. These are used by pdb2gmx to allow you to identify the desired FF and field 1 must match the ffamber* filename prefixes, whereas the following fields can be user-defined: ffamber94 AMBER94 Cornell protein/nucleic forcefield ffamber99 AMBER99 Wang protein/nucleic acid forcefield ffamber99p AMBER99p protein/nucleic forcefield ffamber03 AMBER03 Duan protein/nucleic forcefield (8) Locate the GMXRC in your GROMACS distribution and run `source GMXRC`. (9) Run `pdb2gmx -H14 -f any.pdb` with any pdb to verify that these force fields are now seen by GROMACS. Working example .pdb files are available below, alongside pre-prepared gro and top files (GROMACS 3.1.4 / AMBER94) to which you can compare your resulting files. 翻译如下： 1.安装gromacs并确定你的gromacs的版本； 2.从http://ffamber.cnsm.csulb.edu/上下载对应于你的gromacs版本的amber力场参数文件； 3.解压缩下载的amber力场参数文件（linux下：tar –zxvf ***）； 4.复制aminoacids.dat和vdwradii.dat到gromacs的top文件夹下； 5.每一个力场文件都在一个单独的子文件夹中，复制所需要的ffamber的文件夹下所有文件到top文件夹下； 6.增加“top/FF.dat”中力场的数目，每添加一个力场增加1； 7.增加link到“otop/FF.dat”中，格式如下： ffamber94 AMBER94 Cornell protein/nucleic forcefield ffamber99 AMBER99 Wang protein/nucleic acid forcefield ffamber99p AMBER99p protein/nucleic forcefield ffamber03 AMBER03 Duan protein/nucleic forcefield； 8.找到gromacs中的GMXRC并且“source GMXRC”； 9.运行“pdb2gmx –f **.pdb –o **.gro –p **.top”进行测试。 (2).你可以编译高版本的gromacs，例如4.5，里面自带了amber力场，免去了另外安装的麻烦~ |
6楼2011-12-22 12:53:10
20