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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】gromacs 并行 mpirun
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dndxwoaini

新虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】gromacs 并行 mpirun 已有4人参与

gmx4.05  我用下面这个命令也能跑起来，也显示2个cpu在工作，可是所化的时间和不并行是一样的，甚至还多点，为什么？
mpirun  C mdrun -s topol.tpr
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1楼 2011-03-16 00:03:50
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dndxwoaini

新虫 (小有名气)
谢谢，问题已解决，重新安装了就好了
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4楼2011-03-25 12:12:33
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)
命令行有错误吧？
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2楼2011-03-16 20:27:38
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-25 13:19:53
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-05 19:50:36
引用回帖:
Originally posted by dndxwoaini at 2011-03-16 00:03:50:
gmx4.05  我用下面这个命令也能跑起来，也显示2个cpu在工作，可是所化的时间和不并行是一样的，甚至还多点，为什么？
mpirun  C mdrun -s topol.tpr

这个问题我也遇到过，请教了很多人还是没有解决，不知道是不是并行程序和你的CPU兼容性不好的原因，我是直接安装了GMX4.5.3之后好用的，我的CPU是I3，用的是CMAKE编译。
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3楼2011-03-16 22:40:08
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datian827

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这个问题我也纠结了好几天了，看了这个帖子后，我果断决定，换个版本试试
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-04-04 21:38:47
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