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wally8962

木虫 (著名写手)

★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-19 13:28:15
简单的问题,gromacs简单;麻烦的问题,namd简单。
个人看法。
2楼2010-07-19 10:48:38
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sunburst8796

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-20 09:18:37
楼上的回答很精辟啊~呵呵~GROMACS速度比较快,学起来也比较容易上手,缺点是缺乏高档次的分析工具,如果你要计算FEP的话,GMX就要自己写脚本,同时,NAMD实现SMD也是很方便的~看你的需要了~
3楼2010-07-19 21:28:35
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+4):谢谢 2010-08-01 14:48:08
只能是实际情况了。
  namd的强大。
  1。在于可以使用tcl脚本去自己编写一些程序。就是可以根据你自己的情况去改些东西。                                
2。并且最近出来的colvar用来算自由能也是很强大的一个工具。
3。最近出来的namd都是可以用cuda加速的,速度会快很多。

  gmx也很强大。 有很多计算技术,例如CGMD,REMD现在都是在gmx上实现的。不过要是自己修改的话,就不如namd那么方便了。
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
4楼2010-08-01 14:42:33
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ASP2009

银虫 (小有名气)

呵呵

★ ★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+5):谢谢 2010-08-10 13:54:50
其实无所谓简单还是不简单
关键看适合不适合
二者功能都很强大。
Gromacs,速度快,力场多,分析系统模块化,操作稍微复杂些,GROMACS是分子动力学通用软件包,用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。它特别适用于生物分子,如蛋白质,油脂等有大量复杂健作用的体系,但是由于GROMACS在计算非键作用(这占了模拟的主要部分)时相当快,因此也可广泛应用于非生物体系,如聚合物.NAMD使用的力场有charmm,x-plor,amber 等,适合模拟蛋白质,核酸,细胞膜等体系.和VMD连用的时候,加上TCL和PERL语言,功能很强大。
5楼2010-08-10 12:18:18
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chenhang07

金虫 (正式写手)

两个都还没有用过,准备开始学习。
6楼2010-08-10 13:37:36
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