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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)

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[求助] 请教跑溶剂盒子(无大分子)哪个软件比较合适？

我主要是做量化计算的，因为一些假设想需要验证一下一些小分子在溶剂中的行为，主要是看看不同分子间的亲和力如何，同时为量化计算提供可能的初始结构。我想是不是能跑一段时间的模拟后统计分子间的平均距离来验证？这样的需求哪个软件比较合适？
因为也不会在这方面多深入，最好是软件上手比较容易的。谢谢！

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1楼 2011-09-27 15:59:12

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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

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御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-10-31 18:49:57

这个简单，使用MS-Discover, NAMD， GROMACS搭个大约含1000-2000原子的液体盒子，跑个1个纳秒的NPT模拟，然后将轨迹文件读入到VMD中，计算任意两类原子类型之间的g(r)即可可知其平均距离，还能看一个分子周围平均有几个其它分子(做g(r)的积分)。不过如果楼主从来没有做过模拟，那么倒腾这些软件还是很麻烦的，最好的方法是如果楼主认识做模拟比较熟的，跑到他那里去让他按照你的意思给你跑跑一个下午基本搞定，完了还有时间随便溜达溜达。
如果没有高模拟的朋友，可以看看分子模拟版上有没有有空的帮你做做。