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铁杆木虫 (著名写手)

工兵

[交流] 【求助】常用分子模拟软件的比较已有4人参与

本人是有机合成出身,现在要做一些分子模拟方面的工作,由于实验室没有这反面的基础所以学起来比较的吃力,现在想向各位大牛请教下做分子模拟的工具一般有哪些,他们之间的优势。(本人想先做点分子对接 再做想QSAR)
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-29 10:05
分子对接,有DOCK, AutoDock,免费,用户多
其他免费的,还有ArgusLab, iGemDock等,图形界面,很方面。
但你需要理解分子叠合和一点统计学参数含义。

大型软件Sybyl, Discovery Studio和MOE也都能做分子对接,只是价格昂贵。
2楼2010-04-29 09:51:12
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sjsjsj2007

金虫 (著名写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-30 08:37
Sybyl, Discovery Studio首先,但是对电脑的硬件要求较高,并且是商品化软件,难学些,不过是主流,容易发文章
3楼2010-04-29 21:49:44
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-30 08:37
早些时候,两大商业品牌为主,sybyl偏向于小分子,InsightII(DS前身)大分子方面作的不错,各有特色。但是目前两大阵营也开始融合,弥补自己的不足。这时,又杀出了薛定谔,背后一堆牛人支持,不可一世,很是得瑟。至于MOE,撑撑门面而已。

但是真正大牛们,都是用免费学院版,而且自己编程。。。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2010-04-29 22:07:16
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

DLPOLY


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-30 11:38
DLPOLY是免费的软件,学习也不难,可以修改程序,是个不错的软件
自古明王圣帝,犹须勤学,况凡庶乎!
5楼2010-04-30 10:38:29
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