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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】常用分子模拟软件的比较
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1301050218

铁杆木虫 (著名写手)

工兵

[交流] 【求助】常用分子模拟软件的比较 已有4人参与

本人是有机合成出身，现在要做一些分子模拟方面的工作，由于实验室没有这反面的基础所以学起来比较的吃力，现在想向各位大牛请教下做分子模拟的工具一般有哪些，他们之间的优势。（本人想先做点分子对接 再做想QSAR）
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1楼 2010-04-29 08:51:04
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-29 10:05
分子对接，有DOCK, AutoDock，免费，用户多
其他免费的，还有ArgusLab, iGemDock等，图形界面，很方面。
但你需要理解分子叠合和一点统计学参数含义。

大型软件Sybyl, Discovery Studio和MOE也都能做分子对接，只是价格昂贵。
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2楼2010-04-29 09:51:12
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sjsjsj2007

金虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-30 08:37
Sybyl, Discovery Studio首先，但是对电脑的硬件要求较高，并且是商品化软件，难学些，不过是主流，容易发文章
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3楼2010-04-29 21:49:44
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-30 08:37
早些时候，两大商业品牌为主，sybyl偏向于小分子，InsightII（DS前身）大分子方面作的不错，各有特色。但是目前两大阵营也开始融合，弥补自己的不足。这时，又杀出了薛定谔，背后一堆牛人支持，不可一世，很是得瑟。至于MOE，撑撑门面而已。

但是真正大牛们，都是用免费学院版，而且自己编程。。。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-04-29 22:07:16
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

DLPOLY

★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-30 11:38
DLPOLY是免费的软件，学习也不难，可以修改程序，是个不错的软件
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自古明王圣帝，犹须勤学，况凡庶乎！
5楼2010-04-30 10:38:29
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