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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【讨论】有什么好的软件可以比较合理的构建分子的立体结构？
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

[交流] 【讨论】有什么好的软件可以比较合理的构建分子的立体结构？

rt，画分子结构之后欲变成3D结构，但是用chemdraw 3D转变的话往往结果并不好，尤其是比较复杂一些的分子都缩成一团了，根本就不是合理的空间结构。大家有没有好的软件、方法去构建尽可能合理的分子的立体结构呢？尤其是，在与蛋白对接之前的分子3D结构的优化。大家能告诉一下吗？多谢！！！！
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1楼 2011-04-17 16:38:04
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
顶出去！
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2楼2011-04-18 12:13:30
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
再顶出去！
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3楼2011-04-18 20:21:53
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
再顶！
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4楼2011-04-19 11:51:17
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pbfxql

金虫 (正式写手)
chemoffice
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5楼2011-04-19 12:03:25
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
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Originally posted by pbfxql at 2011-04-19 12:03:25:
chemoffice

无语，不给金币。。
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6楼2011-04-19 15:52:46
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 19:17:36
pkuchemistry(金币+3): 2011-04-19 23:17:33
Materials Studio你可以试试，它的Visualizer模块在建立分子模型方面还是很强大的。
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7楼2011-04-19 16:59:41
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 19:18:09
pkuchemistry(金币+7): 2011-04-19 23:17:19
复杂2D结构转3D，你这不是考验人家写软件的人的智商吗？建议还是别跟软件较劲，老老实实用GaussView来搭你的分子。你做Docking， 所用的小分子不会大到哪里去，否则也不可能Dock到蛋白上。GaussView搭完了，顺便跑个PM6，半经验优化，不超过半小时的事情，还能写到论文里，讨论一下其优化结构。
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8楼2011-04-19 17:37:02
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-04-19 17:37:02:
复杂2D结构转3D，你这不是考验人家写软件的人的智商吗？建议还是别跟软件较劲，老老实实用GaussView来搭你的分子。你做Docking， 所用的小分子不会大到哪里去，否则也不可能Dock到蛋白上。GaussView搭完了，顺便跑 ...

“顺便跑个PM6"请问PM6是什么？
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9楼2011-04-19 23:29:02
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xioooli

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-20 17:16:33
avogadro 或者 openbabel，可以简单的立场优化。
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10楼2011-04-20 09:07:59
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-21 17:12:47
引用回帖:
Originally posted by pkuchemistry at 2011-04-19 23:29:02:
“顺便跑个PM6"请问PM6是什么？

PM6是一种半经验量子化学方法，是最新发展起来的。量子化学通过计算电子结构（电子-电子相互作用，电子-原子核相互作用）来获得能量最低的分子结构，这叫几何优化。通常的量子化学计算要考虑所有的电子，所耗时间较长；半经验量子化学计算则只考虑价层电子（最外层），内层电子则使用经验参数，所以叫半经验量子化学计算。速度非常快。几十个原子也只需要几十分钟而已。

它的准确程度取决于参数的质量。对于通常的有机分子，其预测的结构是非常接近于实验值的。

半经验量子化学历经CINDO, ZINDO, AM1, PM3, PM6等发展，（主要是获得参数的方法不同，准确度不断提高）结果是比较可靠的。
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11楼2011-04-21 15:54:25
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-04-21 15:54:25:
PM6是一种半经验量子化学方法，是最新发展起来的。量子化学通过计算电子结构（电子-电子相互作用，电子-原子核相互作用）来获得能量最低的分子结构，这叫几何优化。通常的量子化学计算要考虑所有的电子，所耗时 ...

谢谢解释。但是我不会用你所说得“跑个PM6”的方法进一步优化结构，能给说一下操作步骤吗？如果不方便，就算啦，还是多谢。
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12楼2011-04-22 00:48:53
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qianxiao2008

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
学习了，课题正需要模拟设计
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13楼2011-04-22 08:04:29
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壮志雄心呵呵

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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14楼2016-04-05 21:04:36
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壮志雄心呵呵

新虫 (小有名气)
我给你一百金币版主

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15楼2016-04-05 21:05:53
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