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pkuchemistry

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[交流] 【讨论】有什么好的软件可以比较合理的构建分子的立体结构？

rt，画分子结构之后欲变成3D结构，但是用chemdraw 3D转变的话往往结果并不好，尤其是比较复杂一些的分子都缩成一团了，根本就不是合理的空间结构。大家有没有好的软件、方法去构建尽可能合理的分子的立体结构呢？尤其是，在与蛋白对接之前的分子3D结构的优化。大家能告诉一下吗？多谢！！！！

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1楼2011-04-17 16:38:04

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pkuchemistry

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引用回帖:

Originally posted by ChemiAndy at 2011-04-21 15:54:25:
PM6是一种半经验量子化学方法，是最新发展起来的。量子化学通过计算电子结构（电子-电子相互作用，电子-原子核相互作用）来获得能量最低的分子结构，这叫几何优化。通常的量子化学计算要考虑所有的电子，所耗时 ...

谢谢解释。但是我不会用你所说得“跑个PM6”的方法进一步优化结构，能给说一下操作步骤吗？如果不方便，就算啦，还是多谢。