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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)


[交流] 【讨论】有什么好的软件可以比较合理的构建分子的立体结构?

rt,画分子结构之后欲变成3D结构,但是用chemdraw 3D转变的话往往结果并不好,尤其是比较复杂一些的分子都缩成一团了,根本就不是合理的空间结构。大家有没有好的软件、方法去构建尽可能合理的分子的立体结构呢?尤其是,在与蛋白对接之前的分子3D结构的优化。大家能告诉一下吗?多谢!!!!
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 19:18:09
pkuchemistry(金币+7): 2011-04-19 23:17:19
复杂2D结构转3D,你这不是考验人家写软件的人的智商吗?建议还是别跟软件较劲,老老实实用GaussView来搭你的分子。你做Docking, 所用的小分子不会大到哪里去,否则也不可能Dock到蛋白上。GaussView搭完了,顺便跑个PM6,半经验优化,不超过半小时的事情,还能写到论文里,讨论一下其优化结构。
8楼2011-04-19 17:37:02
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)


再顶出去!
3楼2011-04-18 20:21:53
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by pbfxql at 2011-04-19 12:03:25:
chemoffice

无语,不给金币。。
6楼2011-04-19 15:52:46
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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 19:17:36
pkuchemistry(金币+3): 2011-04-19 23:17:33
Materials Studio你可以试试,它的Visualizer模块在建立分子模型方面还是很强大的。
7楼2011-04-19 16:59:41
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