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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

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[交流] 【讨论】有什么好的软件可以比较合理的构建分子的立体结构？

rt，画分子结构之后欲变成3D结构，但是用chemdraw 3D转变的话往往结果并不好，尤其是比较复杂一些的分子都缩成一团了，根本就不是合理的空间结构。大家有没有好的软件、方法去构建尽可能合理的分子的立体结构呢？尤其是，在与蛋白对接之前的分子3D结构的优化。大家能告诉一下吗？多谢！！！！

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1楼 2011-04-17 16:38:04

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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 19:18:09
pkuchemistry(金币+7): 2011-04-19 23:17:19

复杂2D结构转3D，你这不是考验人家写软件的人的智商吗？建议还是别跟软件较劲，老老实实用GaussView来搭你的分子。你做Docking，所用的小分子不会大到哪里去，否则也不可能Dock到蛋白上。GaussView搭完了，顺便跑个PM6，半经验优化，不超过半小时的事情，还能写到论文里，讨论一下其优化结构。