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pkuchemistry

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[交流] 【讨论】有什么好的软件可以比较合理的构建分子的立体结构？

rt，画分子结构之后欲变成3D结构，但是用chemdraw 3D转变的话往往结果并不好，尤其是比较复杂一些的分子都缩成一团了，根本就不是合理的空间结构。大家有没有好的软件、方法去构建尽可能合理的分子的立体结构呢？尤其是，在与蛋白对接之前的分子3D结构的优化。大家能告诉一下吗？多谢！！！！

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1楼 2011-04-17 16:38:04

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ChemiAndy

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-21 17:12:47

引用回帖:

Originally posted by pkuchemistry at 2011-04-19 23:29:02:
“顺便跑个PM6"请问PM6是什么？

PM6是一种半经验量子化学方法，是最新发展起来的。量子化学通过计算电子结构（电子-电子相互作用，电子-原子核相互作用）来获得能量最低的分子结构，这叫几何优化。通常的量子化学计算要考虑所有的电子，所耗时间较长；半经验量子化学计算则只考虑价层电子（最外层），内层电子则使用经验参数，所以叫半经验量子化学计算。速度非常快。几十个原子也只需要几十分钟而已。

它的准确程度取决于参数的质量。对于通常的有机分子，其预测的结构是非常接近于实验值的。

半经验量子化学历经CINDO, ZINDO, AM1, PM3, PM6等发展，（主要是获得参数的方法不同，准确度不断提高）结果是比较可靠的。