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lucywangwang

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】coarse-grained MD选择哪个软件比较好？ 已有6人参与

请问，coarse-grained MD选择哪个软件比较好？
最好是开源软件。

[ Last edited by ghcacj on 2010-12-10 at 09:41 ]
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1楼 2010-12-08 00:46:42
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-08 22:34:44
ESPRESSO
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2楼2010-12-08 21:02:14
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-09 17:43:07
楼上回复的是 espresso MD

http://espressowiki.mpip-mainz.mpg.de/wiki/index.php/Main_Page

请不要和 Quantum-ESPRESSO混合起来.


喝咖啡喝多了, 大家都喜欢叫espresso

另外, 请看一下Gromacs和Lammps的Features.

只有更好,没有最好. 看你个人喜好而已.
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Life, Love, Laugh.
3楼2010-12-09 01:09:08
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lucywangwang

木虫 (小有名气)
请问楼上专家，我准备模拟生物大分子在微纳尺度的流体力学行为，LAMMPS，NAMD和espresso MD，哪个软件更适合？另外，coarse-grained 模型建立难度大不大？

刚刚准备起步，请赐教。谢谢。
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4楼2010-12-11 00:49:46
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-11 23:04:47
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-11 23:04:59
引用回帖:
Originally posted by lucywangwang at 2010-12-11 00:49:46:
请问楼上专家，我准备模拟生物大分子在微纳尺度的流体力学行为，LAMMPS，NAMD和espresso MD，哪个软件更适合？另外，coarse-grained 模型建立难度大不大？

刚刚准备起步，请赐教。谢谢。

能贴一两篇代表性的文献吗? 这样我对你的体系有更加实际的了解.

我觉得任何的模拟, 模型的建立和验证, 都是最最重要的一步. 倒也不怕难, 有这么多小虫子呢, 是不是?  ^-^

我自己只是粗略了解coarse-grained, 隔壁课题组有人似乎在做这个. 不管怎样, 我对这个也感兴趣, 大家一起讨论.
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Life, Love, Laugh.
5楼2010-12-11 02:05:52
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cyyn2008cn

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-11 23:04:56
coarse-grained 大多是针对nano-strucutured 来讲的，看你需要模拟的材料晶粒度有多大了，计算的原子数有多大，NAMD和espresso 不了解，但lammps已经是很快的MD程序了，一般的并行机算到million原子数需要1天左右，除非你机器非常好，要不然做的微米尺度用MD还是挺难的。coarse-grain 可以用voronoi方法搭。
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6楼2010-12-11 13:28:04
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chuntao118

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
各位大侠，有没有自己编程来做CG的，有的话能否具体讲一下粗粒化模型的参数具体优化构造过程，最简单的水分子为例就行。谢谢！
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7楼2014-03-24 09:17:53
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:06:18
引用回帖:
7楼: Originally posted by chuntao118 at 2014-03-24 09:17:53
各位大侠，有没有自己编程来做CG的，有的话能否具体讲一下粗粒化模型的参数具体优化构造过程，最简单的水分子为例就行。谢谢！

这个问题，你可以看看gromacs里面，martini力场中水分子的模型力场就知道了。
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8楼2014-03-24 09:21:36
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