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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何计算溶剂盒子密度
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mengyan142

木虫 (小有名气)

[求助] 如何计算溶剂盒子密度

现在我手头上有一个大分子，然后在它的周围加上了10A的水分子作为溶剂盒子，请问我该怎么去计算这个盒子的密度呢？
而且我看到有文献里面是这样提到的：“A periodic solvent box was created and equilibrated by MD simulations. The calculated densities of 0.692 g/cm3 (heptane) and 1.004 g/cm3 (( R)-1-phenyl ethanol) of the box in equilibrium were in good agreement with the experimental values, 0.684 g/cm3 and 1.012 g/cm3".
就是想知道为什么我那个图片上的是0.8，与水的实际密度1.0差这么多，而文献中却几乎一样？

rongjihezi.jpg
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1楼 2013-04-19 19:57:02
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

death_snake

金虫 (初入文坛)
★
ben_ladeng: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-22 21:27:30
引用回帖:
3楼: Originally posted by death_snake at 2013-04-19 20:19:11
同学，这个貌似在你的mdcrd文件中应该可以看到的。应该是1没错，至于它这个是怎么算的。。我也不是特别清楚哎。。

不对，说错了，是Out文件。。。
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sky king cover the land tiger
4楼2013-04-19 20:22:24
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普通回帖

mengyan142

木虫 (小有名气)
上面那个图不对，截错了，应该为：solvatebox myy TIP3PBOX 10
                                                solute vdw bounding box :                 49.327  41.467  53.940
                                                total bounding box for atom centers:   69.327  61.467 73.940
                                                solvent unit box :                             18.774  18.774  18.774
                                                total vdw box size :                           72.535  64.737  77.076
                                                volume :361923.915 A3
                                                total mass 174342.130 amu, density 0.800 g/cc
                                                added 8290 residues
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2楼2013-04-19 20:08:35
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death_snake

金虫 (初入文坛)
同学，这个貌似在你的mdcrd文件中应该可以看到的。应该是1没错，至于它这个是怎么算的。。我也不是特别清楚哎。。
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sky king cover the land tiger
3楼2013-04-19 20:19:11
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
你好，要是用amber算的化，输出的文件里面有密度大小的。
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科研就是讨论出来的
5楼2013-04-19 20:44:55
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-22 11:08:45
你平衡了么？没有平衡的话，密度和预想的有差距很正常啊。
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6楼2013-04-20 07:40:14
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mengyan142

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jerkwin at 2013-04-20 07:40:14
你平衡了么？没有平衡的话，密度和预想的有差距很正常啊。

平衡了，但是我从out文件里读出的密度跟实验值还是有比较大的区别的
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7楼2013-04-22 10:38:33
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengyan142: 金币+10 2013-04-22 15:25:23
引用回帖:
7楼: Originally posted by mengyan142 at 2013-04-22 10:38:33
平衡了，但是我从out文件里读出的密度跟实验值还是有比较大的区别的...

你做的平衡模拟，有 NPT 系宗平衡的过程吗？MD 模拟，一般建模的时候，原子间的距离会远一些，密度小一些，然后需要NPT系宗调节密度，再NVT系宗平衡，再继续你自己的模拟。
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8楼2013-04-22 11:11:08
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mengyan142

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-22 11:11:08
你做的平衡模拟，有 NPT 系宗平衡的过程吗？MD 模拟，一般建模的时候，原子间的距离会远一些，密度小一些，然后需要NPT系宗调节密度，再NVT系宗平衡，再继续你自己的模拟。...

我先最小化，再加热，然后NVT，最后NPT，这样不对么？我们实验室一直是这么做的。
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9楼2013-04-22 15:26:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
mengyan142: 金币+40 2013-04-22 15:40:59
ben_ladeng: 金币+2, 感谢 2013-04-22 21:27:48
引用回帖:
9楼: Originally posted by mengyan142 at 2013-04-22 15:26:22
我先最小化，再加热，然后NVT，最后NPT，这样不对么？我们实验室一直是这么做的。...

对的，你看看NPT之后的密度值啊，最好在NPT之后再续一个NVT的平衡模拟
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10楼2013-04-22 15:30:37
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