| 查看: 3652 | 回复: 15 | ||||
mengyan142木虫 (小有名气)
|
[求助]
如何计算溶剂盒子密度
|
|||
现在我手头上有一个大分子，然后在它的周围加上了10A的水分子作为溶剂盒子，请问我该怎么去计算这个盒子的密度呢？ 而且我看到有文献里面是这样提到的：“A periodic solvent box was created and equilibrated by MD simulations. The calculated densities of 0.692 g/cm3 (heptane) and 1.004 g/cm3 (( R)-1-phenyl ethanol) of the box in equilibrium were in good agreement with the experimental values, 0.684 g/cm3 and 1.012 g/cm3". 就是想知道为什么我那个图片上的是0.8，与水的实际密度1.0差这么多，而文献中却几乎一样？   rongjihezi.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber | gromacs |
» 猜你喜欢
317求调剂
已经有18人回复
-
293求调剂
已经有5人回复
-
280分求调剂 一志愿085802
已经有7人回复
-
0854电子信息求调剂
已经有3人回复
-
263求调剂
已经有4人回复
-
石河子大学（211、双一流）硕博研究生长期招生公告
已经有3人回复
-
一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂
已经有13人回复
-
北科281学硕材料求调剂
已经有6人回复
-
328求调剂，英语六级551，有科研经历
已经有10人回复
-
298求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- 高密度聚乙烯用什么溶剂可以溶解？
已经有8人回复
- Discover dyanimics 模拟醇的水溶液时的氢键能为什么总是零？
已经有7人回复
- 求助，混合溶剂的极性和密度有没有关系
已经有3人回复
- 个人总结有关MS的各种问题（第一季）
已经有708人回复
- 请教跑溶剂盒子(无大分子)哪个软件比较合适？
已经有3人回复
- NPT系综的平衡问题
已经有10人回复
- 氯仿甲醇溶剂系统密度变化
已经有14人回复
- 【讨论】车间用输送有机溶剂的泵，密度大的溶剂输送不了！
已经有7人回复
- 【求助】有没有用DS软件做细胞膜的模拟的？
已经有7人回复
- 【求助】请问哪种方法的模拟结果更加可信？
已经有8人回复
- 【求助】做MD时，溶剂盒子应该加多大算合适呢？
已经有6人回复
- 急急急！求一种有机溶剂：要求1.密度大于水且不溶于水2.粘度低3.低毒
已经有11人回复
death_snake
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 782.5
- 帖子: 17
- 在线: 6.7小时
- 虫号: 2139102
- 注册: 2012-11-21
- 性别: GG
- 专业: 化学计量学与化学信息学
4楼2013-04-19 20:22:24
mengyan142
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 823.6
- 散金: 86
- 红花: 2
- 帖子: 110
- 在线: 52.4小时
- 虫号: 1089783
- 注册: 2010-09-05
- 性别: MM
- 专业: 粉末冶金与粉体工程
|
上面那个图不对，截错了，应该为：solvatebox myy TIP3PBOX 10 solute vdw bounding box : 49.327 41.467 53.940 total bounding box for atom centers: 69.327 61.467 73.940 solvent unit box : 18.774 18.774 18.774 total vdw box size : 72.535 64.737 77.076 volume :361923.915 A3 total mass 174342.130 amu, density 0.800 g/cc added 8290 residues |
2楼2013-04-19 20:08:35
death_snake
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 782.5
- 帖子: 17
- 在线: 6.7小时
- 虫号: 2139102
- 注册: 2012-11-21
- 性别: GG
- 专业: 化学计量学与化学信息学
3楼2013-04-19 20:19:11
夏天的鱼
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2475.1
- 散金: 39
- 红花: 2
- 帖子: 269
- 在线: 106.2小时
- 虫号: 960429
- 注册: 2010-03-03
- 专业: 化学计量学与化学信息学
5楼2013-04-19 20:44:55
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
6楼2013-04-20 07:40:14
mengyan142
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 823.6
- 散金: 86
- 红花: 2
- 帖子: 110
- 在线: 52.4小时
- 虫号: 1089783
- 注册: 2010-09-05
- 性别: MM
- 专业: 粉末冶金与粉体工程
7楼2013-04-22 10:38:33
8楼2013-04-22 11:11:08
mengyan142
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 823.6
- 散金: 86
- 红花: 2
- 帖子: 110
- 在线: 52.4小时
- 虫号: 1089783
- 注册: 2010-09-05
- 性别: MM
- 专业: 粉末冶金与粉体工程
9楼2013-04-22 15:26:22
10楼2013-04-22 15:30:37
