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mengyan142

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10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-22 15:30:37
对的，你看看NPT之后的密度值啊，最好在NPT之后再续一个NVT的平衡模拟...

我就是用的最后的那个密度值，不过看文献里他的密度跟实验值差距特别小，我的还是比较大，是不在续一个NVT就会更好些呢？不过接着跑一段怕时间来不及，所以直接用npt的密度是不也可以？

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11楼2013-04-22 15:34:26

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lingogo

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
mengyan142: 金币+50 2013-04-22 15:51:09

同学，在你的out文件中这个貌似看到的。。。

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12楼2013-04-22 15:50:03

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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

引用回帖:

11楼: Originally posted by mengyan142 at 2013-04-22 15:34:26
我就是用的最后的那个密度值，不过看文献里他的密度跟实验值差距特别小，我的还是比较大，是不在续一个NVT就会更好些呢？不过接着跑一段怕时间来不及，所以直接用npt的密度是不也可以？...

你需要看看你的 NPT 过程中盒子的边长变化情况是否最后趋向一个定值啊，文献中的密度值肯定是有时间平均的，如果你仅仅取NPT结果最后的那个值与实验结果对比，肯定会差异比较大的，后续一段NVT模拟，然后统计平均NVT结果的密度值再与文献对比，可能会好一些。

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mengyan142

13楼2013-04-22 15:52:52

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13楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-22 15:52:52
你需要看看你的 NPT 过程中盒子的边长变化情况是否最后趋向一个定值啊，文献中的密度值肯定是有时间平均的，如果你仅仅取NPT结果最后的那个值与实验结果对比，肯定会差异比较大的，后续一段NVT模拟，然后统计平均N ...

您好，NPT 过程中盒子的边长变化情况在哪个文件看呢？我在输出文件里只看到了体积的变化，我把out文件上传了，闲了您帮我看看吧，
还有个问题，这里的密度只是溶剂密度么？还是包括了蛋白质，最后平均下来的密度呢？
谢谢您了....

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