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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何计算溶剂盒子密度
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mengyan142

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-22 15:30:37
对的，你看看NPT之后的密度值啊，最好在NPT之后再续一个NVT的平衡模拟...

我就是用的最后的那个密度值，不过看文献里他的密度跟实验值差距特别小，我的还是比较大，是不在续一个NVT就会更好些呢？不过接着跑一段怕时间来不及，所以直接用npt的密度是不也可以？
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11楼2013-04-22 15:34:26
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lingogo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengyan142: 金币+50 2013-04-22 15:51:09
同学，在你的out文件中这个貌似看到的。。。
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12楼2013-04-22 15:50:03
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by mengyan142 at 2013-04-22 15:34:26
我就是用的最后的那个密度值，不过看文献里他的密度跟实验值差距特别小，我的还是比较大，是不在续一个NVT就会更好些呢？不过接着跑一段怕时间来不及，所以直接用npt的密度是不也可以？...

你需要看看你的 NPT 过程中盒子的边长变化情况是否最后趋向一个定值啊，文献中的密度值肯定是有时间平均的，如果你仅仅取NPT结果最后的那个值与实验结果对比，肯定会差异比较大的，后续一段NVT模拟，然后统计平均NVT结果的密度值再与文献对比，可能会好一些。
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mengyan142
13楼2013-04-22 15:52:52
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mengyan142

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-22 15:52:52
你需要看看你的 NPT 过程中盒子的边长变化情况是否最后趋向一个定值啊，文献中的密度值肯定是有时间平均的，如果你仅仅取NPT结果最后的那个值与实验结果对比，肯定会差异比较大的，后续一段NVT模拟，然后统计平均N ...

您好，NPT 过程中盒子的边长变化情况在哪个文件看呢？我在输出文件里只看到了体积的变化，我把out文件上传了，闲了您帮我看看吧，
还有个问题，这里的密度只是溶剂密度么？还是包括了蛋白质，最后平均下来的密度呢？
谢谢您了....
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    • 2013-04-23 15:40:17, 31.81 M
14楼2013-04-23 15:42:14
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ttianwen

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你得水的box可能太小啦，就只有1nm，你试着多加点水，做个npt的模拟，200ps差不多，然后看看是不是还有问题
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15楼2013-05-06 11:46:32
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不为功利坚持

新虫 (小有名气)
您好，楼主，您的问题解决了么

发自小木虫IOS客户端
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16楼2017-11-13 18:15:05
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