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mengyan142

木虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-22 15:30:37
对的,你看看NPT之后的密度值啊,最好在NPT之后再续一个NVT的平衡模拟...

我就是用的最后的那个密度值,不过看文献里他的密度跟实验值差距特别小,我的还是比较大,是不在续一个NVT就会更好些呢?不过接着跑一段怕时间来不及,所以直接用npt的密度是不也可以?
11楼2013-04-22 15:34:26
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lingogo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
mengyan142: 金币+50 2013-04-22 15:51:09
同学,在你的out文件中这个貌似看到的。。。
12楼2013-04-22 15:50:03
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by mengyan142 at 2013-04-22 15:34:26
我就是用的最后的那个密度值,不过看文献里他的密度跟实验值差距特别小,我的还是比较大,是不在续一个NVT就会更好些呢?不过接着跑一段怕时间来不及,所以直接用npt的密度是不也可以?...

你需要看看你的 NPT 过程中盒子的边长变化情况是否最后趋向一个定值啊,文献中的密度值肯定是有时间平均的,如果你仅仅取NPT结果最后的那个值与实验结果对比,肯定会差异比较大的,后续一段NVT模拟,然后统计平均NVT结果的密度值再与文献对比,可能会好一些。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

13楼2013-04-22 15:52:52
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mengyan142

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-22 15:52:52
你需要看看你的 NPT 过程中盒子的边长变化情况是否最后趋向一个定值啊,文献中的密度值肯定是有时间平均的,如果你仅仅取NPT结果最后的那个值与实验结果对比,肯定会差异比较大的,后续一段NVT模拟,然后统计平均N ...

您好,NPT 过程中盒子的边长变化情况在哪个文件看呢?我在输出文件里只看到了体积的变化,我把out文件上传了,闲了您帮我看看吧,
还有个问题,这里的密度只是溶剂密度么?还是包括了蛋白质,最后平均下来的密度呢?
谢谢您了....

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  • 附件 1 : npt.out
  • 2013-04-23 15:40:17, 31.81 M
14楼2013-04-23 15:42:14
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ttianwen

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你得水的box可能太小啦,就只有1nm,你试着多加点水,做个npt的模拟,200ps差不多,然后看看是不是还有问题
15楼2013-05-06 11:46:32
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不为功利坚持

新虫 (小有名气)

您好,楼主,您的问题解决了么

发自小木虫IOS客户端
16楼2017-11-13 18:15:05
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