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mengyan142木虫 (小有名气)
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如何计算溶剂盒子密度
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现在我手头上有一个大分子，然后在它的周围加上了10A的水分子作为溶剂盒子，请问我该怎么去计算这个盒子的密度呢？ 而且我看到有文献里面是这样提到的：“A periodic solvent box was created and equilibrated by MD simulations. The calculated densities of 0.692 g/cm3 (heptane) and 1.004 g/cm3 (( R)-1-phenyl ethanol) of the box in equilibrium were in good agreement with the experimental values, 0.684 g/cm3 and 1.012 g/cm3". 就是想知道为什么我那个图片上的是0.8，与水的实际密度1.0差这么多，而文献中却几乎一样？   rongjihezi.jpg |
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【答案】应助回帖
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你需要看看你的 NPT 过程中盒子的边长变化情况是否最后趋向一个定值啊，文献中的密度值肯定是有时间平均的，如果你仅仅取NPT结果最后的那个值与实验结果对比，肯定会差异比较大的，后续一段NVT模拟，然后统计平均NVT结果的密度值再与文献对比，可能会好一些。 |
mengyan14213楼2013-04-22 15:52:52
mengyan142
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上面那个图不对，截错了，应该为：solvatebox myy TIP3PBOX 10 solute vdw bounding box : 49.327 41.467 53.940 total bounding box for atom centers: 69.327 61.467 73.940 solvent unit box : 18.774 18.774 18.774 total vdw box size : 72.535 64.737 77.076 volume :361923.915 A3 total mass 174342.130 amu, density 0.800 g/cc added 8290 residues |
2楼2013-04-19 20:08:35
death_snake
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4楼2013-04-19 20:22:24