应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » NPT系综的平衡问题
111/2返回列表12下一页
查看: 2982  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

笑问天

木虫 (著名写手)

[求助] NPT系综的平衡问题

最近投了篇稿子，讨论的是溶剂与晶面相互作用对晶体形貌的影响，建立了一个溶剂与晶面相互作用的模型进行分子动力学计算，采用NPT系综。审稿人提出如下的意见，认为计算没有达到平衡，但具体的我看得不太明白，是要延长计算的时间尺度吗？如何判断体系已经达到平衡了？我不是专业做模拟计算的，这些东西都是我自学的，老板对这方面也不了解，还请各位高人不吝赐教啊。

Indeed, NPT molecular dynamics at atmospheric pressure and at room temperature is required in order of relax all the tensions and compressions within the simulated cell. Generally, when NPT molecular dynamics is performed on a crystal structure whose coordinates are taken from X-Ray diffraction experiments, the density decreases by 5 to 15 %, thus the simulated cube expands. To me this is extremely important as all the estimated quantities that derive from the model are dependant on such initial treatment.

I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated.
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MD分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-27 10:57:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

rzhheart

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-30 19:32:33
笑问天(金币+50): 2011-06-30 19:48:09
I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated。

这个是说你弛豫时间不够~
貌似help里面说的是先10ps(NPT)之后再100ps(NVT)，这应该算是最短的弛豫时间了。。。 既然是发文章，就不能少于这个时间吧！
赞一下(2人) 回复此楼
勤奋，求实，进取，奉献！
4楼2011-06-30 09:07:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑问天

木虫 (著名写手)
youzhizhe: 建议选择“引用回复”。 2011-06-30 19:33:08
他前段是说NPT在模拟的时候由于体积是变化的，盒子的密度有一定程度的下降，从而导致盒子的体积发生膨胀。因此用NPT进行处理的时候这个问题特别重要。那么是不是说光用NPT系综不合适？或者先跑NVT平衡系统，再跑NPT校正密度，最后再选个合适的系综进行数据收集？
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2011-06-30 10:13:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rzhheart

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-30 19:42:49
笑问天(金币+50): 2011-06-30 19:48:05
溶剂与晶面相互作用对晶体形貌的~
根据你模拟的内容来看，NPT和NVT都是可以的，关键是你跑完动力学后的分析，侧重点在哪里。
至于平衡，就是之前我说的，那是最简单的方法
赞一下(2人) 回复此楼
勤奋，求实，进取，奉献！
6楼2011-06-30 19:36:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

笑问天

木虫 (著名写手)
自己顶一下，别沉了。
回复此楼
2楼2011-06-27 12:12:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑问天

木虫 (著名写手)
大家帮帮忙啊
回复此楼
3楼2011-06-27 16:59:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑问天

木虫 (著名写手)
多谢啊。分析的侧重点就在于溶剂层与晶面层的相互作用能，其实挺简单的一个计算。其实我的文章里只用了NVT系综，审稿人可能看花了眼，以为我用的NPT系综，结果balabala地讲了一通NPT的问题。
那么我现在想知道的是，用NPT系综导致盒子体积膨胀这个问题对计算结果会有什么影响？还请不吝赐教！
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-30 19:53:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑问天

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by rzhheart at 2011-06-30 19:36:45:
溶剂与晶面相互作用对晶体形貌的~
根据你模拟的内容来看，NPT和NVT都是可以的，关键是你跑完动力学后的分析，侧重点在哪里。
至于平衡，就是之前我说的，那是最简单的方法

多谢啊。分析的侧重点在于溶剂层与晶面层的相互作用能，挺简单的一个计算。其实我的文章里只用了NVT系综，审稿人可能看花了眼，以为我用的NPT系综，结果balabala地讲了一通NPT的问题。
我现在想知道的是，用NPT系综导致盒子体积膨胀这个问题对计算结果会有什么影响？还请不吝赐教！ 还有如果只用NVT系综应该也是可以吧。
赞一下 回复此楼
8楼2011-07-01 09:41:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rzhheart

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 笑问天 at 2011-06-30 19:53:22:
多谢啊。分析的侧重点就在于溶剂层与晶面层的相互作用能，其实挺简单的一个计算。其实我的文章里只用了NVT系综，审稿人可能看花了眼，以为我用的NPT系综，结果balabala地讲了一通NPT的问题。
那么我现在 ...

用NPT系综导致盒子体积膨胀~

体积膨胀或者说体积变化按理说如果不发生相变，结果应该也是可以接受的~
有没有查过类似的文章，别人怎么算的？
或者查下陈正隆那本书，看下你这个他建议的是什么体系的~
赞一下 回复此楼
勤奋，求实，进取，奉献！
9楼2011-07-01 10:13:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑问天

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by rzhheart at 2011-07-01 10:13:57:
用NPT系综导致盒子体积膨胀~

体积膨胀或者说体积变化按理说如果不发生相变，结果应该也是可以接受的~
有没有查过类似的文章，别人怎么算的？
或者查下陈正隆那本书，看下你这个他建议的是什么体系的~

我查过了，人家都用的NVT……
好吧，我只好提醒一下审稿人，他看错了，嘿嘿。
另外我再用NVT补算100ps得了，看看结果会有什么变化没。
赞一下 回复此楼
10楼2011-07-01 11:14:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 笑问天 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭