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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 径向分布函数的问题
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如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁

[求助] 径向分布函数的问题

（1）我是用Monte Carlo来计算NPT系综下体系的相平衡的，请问计算的时候需要towhee_template这个文件么？
（2）计算结束后对计算结构进行了径向分布函数分析，但是结果如下，不知是什么原因，哪位高人能给解释一下，不胜感激！
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勇者无惧无欲则刚
1楼 2012-09-13 16:26:43
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-14 11:51:07
如水.101: 金币+2, ★有帮助 2012-09-15 08:36:13
我觉得第一个，如果你有这个分子的结构文件，那么可以用这个towhee_template来比较方便；当然你也可以直接用towhee_coords文件。

这个rdf的图，我觉得你应该说出你质疑的东西来。还有想问下，这个rdf你是用什么做出来的？它是所有每个原子对的rdf然后平均的呢，还是就某一个原子然后做出来的？
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如水.101
2楼2012-09-14 11:09:18
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如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁
送鲜花一朵
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2楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-09-14 11:09:18
我觉得第一个，如果你有这个分子的结构文件，那么可以用这个towhee_template来比较方便；当然你也可以直接用towhee_coords文件。

这个rdf的图，我觉得你应该说出你质疑的东西来。还有想问下，这个rdf你是用什么做 ...

towhee_template中不就是给出了原子的坐标么？我计算的过程中没有采用这个文件，也没有用towhee_coords，算完后对数据处理的时候得到的径向分布函数是图中那样的，你看到这样的径向分布函数图不觉得奇怪么？这个rdf我是用towhee自带的程序来做的，它是某个原子的不是平均值。下面给出了我认为正确的rdf图，两图的差异就是我质疑的地方。
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勇者无惧无欲则刚
3楼2012-09-15 08:58:54
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如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁
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2楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-09-14 11:09:18
我觉得第一个，如果你有这个分子的结构文件，那么可以用这个towhee_template来比较方便；当然你也可以直接用towhee_coords文件。

这个rdf的图，我觉得你应该说出你质疑的东西来。还有想问下，这个rdf你是用什么做 ...

towhee_template中不就是给出了原子的坐标么？我计算的过程中没有采用这个文件，也没有用towhee_coords，算完后对数据处理的时候得到的径向分布函数是图中那样的，你看到这样的径向分布函数图不觉得奇怪么？这个rdf我是用towhee自带的程序来做的，它是某个原子的不是平均值。下面给出了我认为正确的rdf图，两图的差异就是我质疑的地方。

Doc1.doc(119KB)
http://kuai.xunlei.com/d/GBWGSTAHSFHB?p=130497
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勇者无惧无欲则刚
4楼2012-09-15 09:00:48
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
如水.101: 金币+8, ★★★很有帮助, 奥，这样啊，谢谢啊，我再试试 2012-09-15 10:09:19
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-09-15 10:58:14
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4楼: Originally posted by 如水.101 at 2012-09-15 09:00:48
towhee_template中不就是给出了原子的坐标么？我计算的过程中没有采用这个文件，也没有用towhee_coords，算完后对数据处理的时候得到的径向分布函数是图中那样的，你看到这样的径向分布函数图不觉得奇怪么？这个rd ...

如果是towhee自带的程序的话，如果我没有记错的话，这个rdf是所有相关原子对的平均值。还有这俩图的震荡是有一些不同，这个会不会和你设置的横轴分辨率（也就是你在计算时设置的bin值）有关呢。还有对于纵轴的高度说明不了什么问题，这个没有什么意义的，重点是第一峰，第二峰的位置。
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如水.101
5楼2012-09-15 09:19:29
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如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁
送鲜花一朵
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5楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-09-15 09:19:29
如果是towhee自带的程序的话，如果我没有记错的话，这个rdf是所有相关原子对的平均值。还有这俩图的震荡是有一些不同，这个会不会和你设置的横轴分辨率（也就是你在计算时设置的bin值）有关呢。还有对于纵轴的高度 ...

奥，这样啊，谢谢啊，我在试试
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勇者无惧无欲则刚
6楼2012-09-15 10:09:52
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
想问下，是不是你把bin值调小后就和想要的图形差不多了呢？因为对你那个现象也不是非常确定。也算学习下，以后自己遇上就知道了。呵呵
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如水.101
7楼2012-09-15 20:02:55
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如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁
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7楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-09-15 20:02:55
想问下，是不是你把bin值调小后就和想要的图形差不多了呢？因为对你那个现象也不是非常确定。也算学习下，以后自己遇上就知道了。呵呵

我还没试呢，计算用的电脑都用着，等试过之后一定告诉你啊。
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勇者无惧无欲则刚
8楼2012-09-16 09:09:32
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如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-09-15 20:02:55
想问下，是不是你把bin值调小后就和想要的图形差不多了呢？因为对你那个现象也不是非常确定。也算学习下，以后自己遇上就知道了。呵呵

我试过了，把bin值调小之后，确实好多了，但仍然与想要的峰还有差距。谢谢啦！
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勇者无惧无欲则刚
9楼2012-09-19 14:47:10
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-09-21 08:20:20
引用回帖:
9楼: Originally posted by 如水.101 at 2012-09-19 14:47:10
我试过了，把bin值调小之后，确实好多了，但仍然与想要的峰还有差距。谢谢啦！...

首先，你那个标准峰是从同一个模型里得到的吗，如果不是就可能跟这个模型坐标文件有关系吧。如果你那个标准峰是从其他资料上得到的，那么你自己得到的应该看看和那个文献的环境一样吗，感觉你的更接近晶体的排布。
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10楼2012-09-19 19:25:51
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