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【求助】分子动力学的溶剂化分析 已有2人参与
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大家好！ 我在做蛋白质溶剂化的分子动力学，最初目的是考察不同溶剂对蛋白质结构的影响及它们之间的相互作用。只是不知道在Amber中，要转化成什么样的输出参数去考察，现在我只是分析了温度、动能、势能、RMSD等简单的参数，然后再分析氢键是将整个体系进行分析，出错，报错内存不够，请教大侠，由于计算机硬件暂时无法改变，只能靠减小体系来计算，有哪位大侠知道如何改动吗？有做过蛋白质溶剂化的研究的吗？一般都应分析哪些参数呢？或者大家谁看到过比较类似的文献呢？请大家不吝赐教！感激不尽！（因快毕业，问大家了一些比较笼统、依赖性的问题，还望包涵，不吝赐教） |
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