24小时热门版块排行榜    

查看: 2826  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁

[求助] 径向分布函数的问题

(1)我是用Monte Carlo来计算NPT系综下体系的相平衡的,请问计算的时候需要towhee_template这个文件么?
(2)计算结束后对计算结构进行了径向分布函数分析,但是结果如下,不知是什么原因,哪位高人能给解释一下,不胜感激!
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : Doc2.doc
  • 2012-09-13 16:26:34, 317.5 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

我学习计算的一些帖子

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

勇者无惧无欲则刚
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-09-14 11:09:18
我觉得第一个,如果你有这个分子的结构文件,那么可以用这个towhee_template来比较方便;当然你也可以直接用towhee_coords文件。

这个rdf的图,我觉得你应该说出你质疑的东西来。还有想问下,这个rdf你是用什么做 ...

towhee_template中不就是给出了原子的坐标么?我计算的过程中没有采用这个文件,也没有用towhee_coords,算完后对数据处理的时候得到的径向分布函数是图中那样的,你看到这样的径向分布函数图不觉得奇怪么?这个rdf我是用towhee自带的程序来做的,它是某个原子的不是平均值。下面给出了我认为正确的rdf图,两图的差异就是我质疑的地方。
勇者无惧无欲则刚
3楼2012-09-15 08:58:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-14 11:51:07
如水.101: 金币+2, 有帮助 2012-09-15 08:36:13
我觉得第一个,如果你有这个分子的结构文件,那么可以用这个towhee_template来比较方便;当然你也可以直接用towhee_coords文件。

这个rdf的图,我觉得你应该说出你质疑的东西来。还有想问下,这个rdf你是用什么做出来的?它是所有每个原子对的rdf然后平均的呢,还是就某一个原子然后做出来的?

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-09-14 11:09:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

如水.101

木虫 (小有名气)

冰洁

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhang_jaj at 2012-09-14 11:09:18
我觉得第一个,如果你有这个分子的结构文件,那么可以用这个towhee_template来比较方便;当然你也可以直接用towhee_coords文件。

这个rdf的图,我觉得你应该说出你质疑的东西来。还有想问下,这个rdf你是用什么做 ...

towhee_template中不就是给出了原子的坐标么?我计算的过程中没有采用这个文件,也没有用towhee_coords,算完后对数据处理的时候得到的径向分布函数是图中那样的,你看到这样的径向分布函数图不觉得奇怪么?这个rdf我是用towhee自带的程序来做的,它是某个原子的不是平均值。下面给出了我认为正确的rdf图,两图的差异就是我质疑的地方。

Doc1.doc(119KB)
http://kuai.xunlei.com/d/GBWGSTAHSFHB?p=130497
勇者无惧无欲则刚
4楼2012-09-15 09:00:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
如水.101: 金币+8, ★★★很有帮助, 奥,这样啊,谢谢啊,我再试试 2012-09-15 10:09:19
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-09-15 10:58:14
引用回帖:
4楼: Originally posted by 如水.101 at 2012-09-15 09:00:48
towhee_template中不就是给出了原子的坐标么?我计算的过程中没有采用这个文件,也没有用towhee_coords,算完后对数据处理的时候得到的径向分布函数是图中那样的,你看到这样的径向分布函数图不觉得奇怪么?这个rd ...

如果是towhee自带的程序的话,如果我没有记错的话,这个rdf是所有相关原子对的平均值。还有这俩图的震荡是有一些不同,这个会不会和你设置的横轴分辨率(也就是你在计算时设置的bin值)有关呢。还有对于纵轴的高度说明不了什么问题,这个没有什么意义的,重点是第一峰,第二峰的位置。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2012-09-15 09:19:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +3 vv迷 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:05 by f19980501
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考! +4 lemonzzn 2026-03-17 8/400 2026-03-21 22:49 by lemonzzn
[考研] 化学工程321分求调剂 +18 大米饭! 2026-03-15 22/1100 2026-03-21 20:20 by HH领袖
[考研] 考研化学学硕调剂,一志愿985 +5 张vvvv 2026-03-15 7/350 2026-03-21 19:23 by ColorlessPI
[考研] 【考研调剂】化学专业 281分,一志愿四川大学,诚心求调剂 +11 吃吃吃才有意义 2026-03-19 11/550 2026-03-21 18:23 by 学员8dgXkO
[考研] 278求调剂 +9 烟火先于春 2026-03-17 9/450 2026-03-21 17:47 by 学员8dgXkO
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 323求调剂 +3 洼小桶 2026-03-18 3/150 2026-03-20 22:54 by JourneyLucky
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 0854可跨调剂,一作一项核心论文五项专利,省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
信息提示
请填处理意见