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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【原创】vasp的分子动力学模拟
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xbelinda

银虫 (小有名气)

[资源] 【原创】vasp的分子动力学模拟

vasp做分子动力学的好处，由于vasp是近些年开发的比较成熟的软件，在做电子scf速度方面有较好的优势。
缺点：可选系综太少。
尽管如此，对于大多数有关分子动力学的任务还是可以胜任的。
主要使用的系综是 NVT 和 NVE。
下面我将对主要参数进行介绍！

一般做分子动力学的时候都需要较多原子，一般都超过100个。
当原子数多的时候，k点实际就需要较少了。有的时候用一个k点就行，不过这都需要严格的测试。通常超过200个原子的时候，用一个k点，即Gamma点就可以了。

INCAR：
EDIFF   一般来说，用1E-4 或者1E-5都可以，这个参数只是对第一个离子步的自洽影响大一些，对于长时间的分子动力学的模拟，精度小一点也无所谓，但不能太小。
IBRION=0 分子动力学模拟
IALGO=48 一般用48，对于原子数较多，这个优化方式较好。
NSW=1000   多少个时间步长。
POTIM=3  时间步长,单位fs, 通常1到3.
ISIF=2  计算外界的压力.
NBLOCK= 1  多少个时间步长，写一次CONTCAR，CHG和CHGCAR，PCDAT.
KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 个步长写一次 XDATCAR.
ISMEAR=-1  费米迪拉克分布.
SIGMA =0.05 单位:电子伏
NELMIN=8  一般用6到8, 最小的电子scf数.太少的话,收敛的不好.
LREAL=A
APACO=10 径向分布函数距离, 单位是埃.
NPACO=200  径向分布函数插的点数.
LCHARG=F 尽量不写电荷密度,否则CHG文件太大.
TEBEG=300  初始温度.
TEEND=300 终态温度。 不设的话，等于TEBEG.
SMASS   -3  NVE ensemble;-1 用来做模拟退火。大于0 NVT 系综。
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1楼 2009-12-20 14:32:52
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wangyujia

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

学习了，但是要指出你的一点小错误。
NBLOCK= 1  指的是多少个离子步（时间步长只是对于MD而言，对于其它的计算，NBLOCK也是起控制作用的）写一次XDATCAR
KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 个离子步写一次PCDAT.
CONTCAR是每个离子步之后都会写出来的，但是会用新的把老的覆盖
CHG是在每10个离子步写一次，不会覆盖
CHGCAR是在任务正常结束之后才写的。
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15楼2009-12-22 15:46:23
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spur

金虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

感谢分享。问一下楼主：有办法得到体系在某一个方向上(e.g.  x, y, z)的径向分布函数吗？另外楼主能不能给大家讲讲SMASS=1，2，3的区别？

[ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ]
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5楼2009-12-21 12:58:55
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csfn

荣誉版主 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主能否考虑简单介绍下vasp做了md后的主要输出文件（主要结果）分析
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11楼2009-12-22 08:10:13
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yzcluster

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by csfn at 2009-12-22 08:10:
楼主能否考虑简单介绍下vasp做了md后的主要输出文件（主要结果）分析

偶曾经用CASTEP的MD算了一个晶格的结构相变问题，目前打算把手上那个表面的东西搞完后就做点QMD的东西。现在偶每天除了看点文献外就是马丁的《Electronic Structure》和《Ab Initio Molecular Dynamics: Basic Theory and Advanced Methods》两本书对比看，感触颇多啊！
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18楼2009-12-22 22:21:49
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peng.029

捐助贵宾 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

受教了，感谢！不过还有好多具体的问题，比如数据后处理，分析等方面的经验和小工具可以共享吗？ 这里的后处理是不是和经典的分子动力学类似的呢？谢谢了……
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30楼2011-06-29 19:20:27
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普通回帖

chuzhaonan

铁杆木虫 (著名写手)

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这个要认真学习
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2楼2009-12-20 16:38:13
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢分享
分子动力学模拟的参数可选择性也不小，不要完全被某个INCAR所局限，要明白每个参数是什么意思
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3楼2009-12-20 21:54:03
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study163

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

这个要看看，不错
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4楼2009-12-20 22:30:53
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主太无私了，感动ing。。。。。。。。
收藏起来，以备不时之需
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6楼2009-12-21 19:27:48
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by spur at 2009-12-21 12:58:
感谢分享。问一下楼主：有办法得到体系在某一个方向上(e.g.  x, y, z)的径向分布函数吗？另外楼主能不能给大家讲讲SMASS=1，2，3的区别？

[ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ]

这个还真没有听说过，有一个问题是径向分布函数其本身就是一维的物理量
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7楼2009-12-21 20:05:09
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xbelinda

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by spur at 2009-12-21 12:58:
感谢分享。问一下楼主：有办法得到体系在某一个方向上(e.g.  x, y, z)的径向分布函数吗？另外楼主能不能给大家讲讲SMASS=1，2，3的区别？

[ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ]

SMASS=1,2,3 是没有区别的。都是NVT ensemble。
SMASS只要是大于0就是NVT系综。
另一个问题，我也不会。没用到过。
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9楼2009-12-21 21:00:15
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

it is worth to learn.
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10楼2009-12-21 23:27:39
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by xbelinda at 2009-12-21 21:00:


SMASS=1,2,3 是没有区别的。都是NVT ensemble。
SMASS只要是大于0就是NVT系综。
另一个问题，我也不会。没用到过。

SMASS这个值在MD中，
不同值是对应于振动的频率，也就是热欲的频率和系统的频率要尽量一致。但是在实际中对计算结果影响不是特别大。
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12楼2009-12-22 08:42:26
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yuan999

专家顾问 (知名作家)

★★★ 三星级,支持鼓励

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13楼2009-12-22 09:19:45
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qqpie

木虫 (职业作家)

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感谢楼主啦~!!@@
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14楼2009-12-22 13:23:57
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freer007

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主啊。
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16楼2009-12-22 16:11:57
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xbelinda

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wangyujia at 2009-12-22 15:46:
学习了，但是要指出你的一点小错误。
NBLOCK= 1  指的是多少个离子步（时间步长只是对于MD而言，对于其它的计算，NBLOCK也是起控制作用的）写一次XDATCAR
KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 个离子步写一次PCDAT.
CONTC ...

正解, 当时还是比较忙,有所疏忽!
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17楼2009-12-22 22:18:04
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xbelinda

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yzcluster at 2009-12-22 22:21:


偶曾经用CASTEP的MD算了一个晶格的结构相变问题，目前打算把手上那个表面的东西搞完后就做点QMD的东西。现在偶每天除了看点文献外就是马丁的《Electronic Structure》和《Ab Initio Molecular Dynamics: Basi ...

看来你在憋大文章啊！
这有像你这样才能做出好工作啊！
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19楼2009-12-23 01:05:27
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

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马恩靠这个搞了多少高档文章啊 呵呵
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21楼2010-01-14 21:43:30
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wjhwoods

铜虫 (正式写手)

en, 学习了。

en, 学习了。
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23楼2010-02-05 04:27:58
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

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学习拉，呵呵
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24楼2010-06-04 16:17:26
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longchang

金虫 (小有名气)

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我先顶一个！
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25楼2010-06-08 11:00:11
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study163

木虫 (正式写手)
不错，总结得很详细
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26楼2010-06-09 18:48:42
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vasp001

金虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):感谢交流，呵呵，细微的差别还是很有用处的 2010-06-10 08:10:57
引用回帖:
Originally posted by xbelinda at 2009-12-21 21:00:15:


SMASS=1,2,3 是没有区别的。都是NVT ensemble。
SMASS只要是大于0就是NVT系综。
另一个问题，我也不会。没用到过。

SMASS =1,2,3 虽说都是NVT 系统，但是，还是有区别的，SMASS 是控制温度震荡的频率的。要选择合适的值，以防止Nose-热浴和离子的运动脱耦，导致非正则的系宗。
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27楼2010-06-09 19:53:47
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原子修补匠

铁虫 (初入文坛)
真的是非常好的东西，泛泛而谈容易，说仔细的难。
楼主这么细致的帖子，真是无私啊！
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28楼2010-06-14 15:37:28
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juchen

金虫 (小有名气)

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学习了~
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29楼2011-04-08 14:42:36
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bird007

荣誉版主 (职业作家)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《VASP》
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31楼2011-08-31 07:32:06
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huangll99

木虫 (职业作家)

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ding
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32楼2012-01-06 21:54:07
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wujing110

禁虫 (正式写手)
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33楼2012-03-15 10:07:18
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123左叉

新虫 (小有名气)

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请问大侠，VASP跑分子动力学步骤是怎样的呢？是和做其他计算一样吗，结构优化，静态自洽，非静态自洽，求band吗
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34楼2014-05-06 20:56:19
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wuli_2009

新虫 (小有名气)

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感谢楼主
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35楼2014-07-02 17:18:16
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尤图尔m5

铜虫 (小有名气)

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有个问题,ISMEAR=-1  费米迪拉克分布.这个是必须要用-1吗,我取的是普通的0,这个会有影响吗?
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36楼2015-03-08 19:28:52
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Gphase

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
37楼2016-05-14 14:37:20
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gunfawk

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:
21楼: Originally posted by lei0736 at 2010-01-14 21:43:30
马恩靠这个搞了多少高档文章啊 呵呵

为何hehe，不理解
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38楼2017-04-08 20:13:00
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

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非常好 顶一下
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39楼2017-04-14 14:56:14
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2longriver

新虫 (初入文坛)

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无私奉献，楼主好人
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40楼2017-06-03 21:02:13
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10133202

铁虫 (小有名气)

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引用回帖:
18楼: Originally posted by yzcluster at 2009-12-22 22:21:49
偶曾经用CASTEP的MD算了一个晶格的结构相变问题，目前打算把手上那个表面的东西搞完后就做点QMD的东西。现在偶每天除了看点文献外就是马丁的《Electronic Structure》和《Ab Initio Molecular Dynamics: Basic  ...

亲，您在读这两本书：《Electronic Structure》和《Ab Initio Molecular Dynamics: Basic Theory and Advanced Methods》能否发我一份，非常感谢。邮箱14110720002@fudan.edu.cn.
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41楼2018-12-07 13:02:15
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风度尽量翩

银虫 (正式写手)
您好，我这边摘录一下用公众号转载一下可以吗？给您注明出处
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42楼2019-09-09 16:33:42
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weichengdo

新虫 (小有名气)
可以完整发一下具体的计算流程吗？（脚本的使用和静态计算一样的吗？）
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43楼2020-06-27 20:36:42
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sungjen

银虫 (著名写手)
引用回帖:
27楼: Originally posted by vasp001 at 2010-06-09 19:53:47
SMASS =1,2,3 虽说都是NVT 系统，但是，还是有区别的，SMASS 是控制温度震荡的频率的。要选择合适的值，以防止Nose-热浴和离子的运动脱耦，导致非正则的系宗。...

如何选择1 2 3?需要测试还是怎么样
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44楼2021-01-14 16:46:55
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hailong147

禁虫
本帖内容被屏蔽
45楼2021-11-25 10:19:54
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aylayl088楼
2009-12-21 20:15   回复  
 
abcasi20楼
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zdhlover22楼
2010-01-15 21:26   回复  
 
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