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xbelinda

银虫 (小有名气)


[资源] 【原创】vasp的分子动力学模拟

vasp做分子动力学的好处,由于vasp是近些年开发的比较成熟的软件,在做电子scf速度方面有较好的优势。
缺点:可选系综太少。
尽管如此,对于大多数有关分子动力学的任务还是可以胜任的。
主要使用的系综是 NVT 和 NVE。
下面我将对主要参数进行介绍!

一般做分子动力学的时候都需要较多原子,一般都超过100个。
当原子数多的时候,k点实际就需要较少了。有的时候用一个k点就行,不过这都需要严格的测试。通常超过200个原子的时候,用一个k点,即Gamma点就可以了。

INCAR:
EDIFF   一般来说,用1E-4 或者1E-5都可以,这个参数只是对第一个离子步的自洽影响大一些,对于长时间的分子动力学的模拟,精度小一点也无所谓,但不能太小。
IBRION=0 分子动力学模拟
IALGO=48 一般用48,对于原子数较多,这个优化方式较好。
NSW=1000   多少个时间步长。
POTIM=3  时间步长,单位fs, 通常1到3.
ISIF=2  计算外界的压力.
NBLOCK= 1  多少个时间步长,写一次CONTCAR,CHG和CHGCAR,PCDAT.
KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 个步长写一次 XDATCAR.
ISMEAR=-1  费米迪拉克分布.
SIGMA =0.05 单位:电子伏
NELMIN=8  一般用6到8, 最小的电子scf数.太少的话,收敛的不好.
LREAL=A
APACO=10 径向分布函数距离, 单位是埃.
NPACO=200  径向分布函数插的点数.
LCHARG=F 尽量不写电荷密度,否则CHG文件太大.
TEBEG=300  初始温度.
TEEND=300 终态温度。 不设的话,等于TEBEG.
SMASS   -3  NVE ensemble;-1 用来做模拟退火。大于0 NVT 系综。
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spur

金虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

感谢分享。问一下楼主:有办法得到体系在某一个方向上(e.g.  x, y, z)的径向分布函数吗?另外楼主能不能给大家讲讲SMASS=1,2,3的区别?

[ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ]
5楼2009-12-21 12:58:55
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查看全部 45 个回答

wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢分享
分子动力学模拟的参数可选择性也不小,不要完全被某个INCAR所局限,要明白每个参数是什么意思
3楼2009-12-20 21:54:03
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study163

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

这个要看看,不错
4楼2009-12-20 22:30:53
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主太无私了,感动ing。。。。。。。。
收藏起来,以备不时之需
6楼2009-12-21 19:27:48
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