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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[交流] 【任务征集】VASP跑分子动力学数据处理方法 已有16人参与

VASP可以做:

结构驰豫、总能计算,电子结构( 态密度和能带结构),电荷密度,bader布局分析,模量和应变,磁性,声子谱等的计算。

这些方面的数据分析读初学者来说,估计有一定难度,希望可以通过举办系列【任务征集】活动,以一个简单的算例来说明演示计算过程和结果分析。

这些内容可以是自己完成的计算,也可以是收集整理已有的例子。

作为开始,希望征集VASP跑分析动力学的数据处理方法。比如均方位移(mean-square displacement, MSD),若干局部能量极小点筛选(这一点对于固体表面小分子的化学吸附点位初始猜测很重要)。

可以提供线索,思路,原理,或者程序代码,一个或者多个方面都欢迎。

希望广大虫子积极分享,集结整理后作为精华资源通过木虫出版rcs发布。奖励方法另行发布,受奖虫子可以参与协商。

小木虫对于原创和分享的奖励,一贯是慷慨的。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-4-13 at 14:07 ]
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jizw0704

至尊木虫 (著名写手)

PhD

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
对于VASP做MD的结果的处理中,径向分布函数,我利用的是VMD软件,该软件重要读取的是VASP跑完MD后的vasprun.xml文件,首先将vasprun.xml文件Load到VMD中(File-New Molecule-Browse-Load),然后在VMD的主操作界面选择Extensions-Analysis-Radial Pair Distribution Function g(r),就可以了,试试看,望有帮助!!
最爱——羽毛球
18楼2013-01-15 10:12:58
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babaleo

木虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
好帖,我咬顶。。。
有个建议,不知可行否。就是对于这么有意义的话题,与其让我等小虾们望眼欲穿,是不是可以有区长们或版主们通过主动和大虾约稿的方式搞定?当然怎么回报大虾的奉献可能还要区长们或版主们费心。
5楼2011-05-12 20:55:23
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gougou531

禁虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

8楼2011-12-17 10:36:35
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egogg

木虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
vasp分子动力学的原子轨迹(动画)可以用VMD来看,而且VMD里面也可以用相应的命令提取原子坐标、键长变化等等信息。
VMD:
File->New Molecule->打开OUTCAR/POSCAR/CHGCAR/XDATACAR/PARCHG文件,选择对应的文件格式,点击Load就搞定了。

其他数据在对应的文件里用脚本命令提取出来就行了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

13楼2012-03-07 17:13:08
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普通回帖

轻风龙骑士

新虫 (初入文坛)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
初学者,基本的DFT还行。动力学就等待楼下的大侠们了,顶帖
自然如何呈现给我们,取决于我们用多少时间去观察他
2楼2011-04-13 22:51:38
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chaoma95

银虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
希望大虾顶贴发表意见
3楼2011-05-11 20:20:13
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-04-13 11:05:47:
VASP可以做:

结构驰豫、总能计算,电子结构( 态密度和能带结构),电荷密度,bader布局分析,模量和应变,磁性,声子谱等的计算。

这些方面的数据分析读初学者来说,估计有一定难度,希望可以通过举办系列 ...

大家顶顶顶。。。。。。
timeflies..
4楼2011-05-12 13:38:33
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wenyan0517

新虫 (初入文坛)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
顶贴 希望看到好的例子!
6楼2011-05-13 08:52:29
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dddd1971

铜虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
坚定不移地顶之!
人生當?娜�
7楼2011-12-16 17:14:42
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
cenwanglai(金币+4): 谢谢分享~ 2011-12-18 17:10:43
引用回帖:
1楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-04-13 11:05:47:
VASP可以做:

结构驰豫、总能计算,电子结构( 态密度和能带结构),电荷密度,bader布局分析,模量和应变,磁性,声子谱等的计算。

这些方面的数据分析读初学者来说,估计有一定难度,希望可以通过举办系列 ...

mean-square displacement, MSD:
有几个现成的软件:
ring code
http://rings-code.sourceforge.ne ... id=23&Itemid=34
timeflies..
9楼2011-12-18 17:06:09
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lastfreedom

木虫 (小有名气)

up up up
10楼2011-12-18 22:23:45
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