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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【任务征集】VASP跑分子动力学数据处理方法
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09njtpw

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
这么好的贴不要沉了。。。
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11楼2012-03-07 14:58:43
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wujing110

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
12楼2012-03-07 15:46:21
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egogg

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
vasp分子动力学的原子轨迹（动画）可以用VMD来看，而且VMD里面也可以用相应的命令提取原子坐标、键长变化等等信息。
VMD：
File->New Molecule->打开OUTCAR/POSCAR/CHGCAR/XDATACAR/PARCHG文件，选择对应的文件格式，点击Load就搞定了。

其他数据在对应的文件里用脚本命令提取出来就行了。
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blueybz
13楼2012-03-07 17:13:08
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onion2440

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
顶一个，楼主大大，小虫膜拜
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14楼2012-07-23 08:50:47
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blueybz

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
1251088楼: Originally posted by egogg at 2012-03-07 17:13:08
vasp分子动力学的原子轨迹（动画）可以用VMD来看，而且VMD里面也可以用相应的命令提取原子坐标、键长变化等等信息。
VMD：
File->New Molecule->打开OUTCAR/POSCAR/CHGCAR/XDATACAR/PARCHG文件，选择对应的 ...

请问，能讲讲 怎么把轨迹的坐标输出来吗？
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15楼2012-11-03 02:37:41
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egogg

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1282173楼: Originally posted by blueybz at 2012-11-03 02:37:41
请问，能讲讲 怎么把轨迹的坐标输出来吗？...

vmd中，选中轨迹文件，右键-》保存坐标-》然后选择需要导出的帧及文件格式，保存就行了。
我一般是导出需要的那一帧为pdb，然后倒入到ms中，重建晶体就可以恢复晶体结构数据了。
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16楼2012-11-03 12:09:40
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jizw0704

至尊木虫 (著名写手)

PhD
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我最近也在用VASP做MD，现在也陆续计算介绍了，但不知道如何分析，我查阅了一下文献，大家好像都在讨论，径向分布函数，Bond angle distributions，Mean-squared displacement等，就是不知道如何分析，求高手啊
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最爱——羽毛球
17楼2013-01-04 16:05:33
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jizw0704

至尊木虫 (著名写手)

PhD
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
对于VASP做MD的结果的处理中，径向分布函数，我利用的是VMD软件，该软件重要读取的是VASP跑完MD后的vasprun.xml文件，首先将vasprun.xml文件Load到VMD中（File-New Molecule-Browse-Load），然后在VMD的主操作界面选择Extensions-Analysis-Radial Pair Distribution Function g（r),就可以了，试试看，望有帮助！！
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最爱——羽毛球
18楼2013-01-15 10:12:58
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jfyh2008

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by jizw0704 at 2013-01-15 10:12:58
对于VASP做MD的结果的处理中，径向分布函数，我利用的是VMD软件，该软件重要读取的是VASP跑完MD后的vasprun.xml文件，首先将vasprun.xml文件Load到VMD中（File-New Molecule-Browse-Load），然后在VMD的主操作界面选 ...

请问我采用这种方法计算的g(r)都为0是怎么回事，而且计算后也没有显示RDF的图标，什么情况？请帮忙解答一下
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19楼2014-05-22 20:41:38
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jizw0704

至尊木虫 (著名写手)

PhD
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by jfyh2008 at 2014-05-22 20:41:38
请问我采用这种方法计算的g(r)都为0是怎么回事，而且计算后也没有显示RDF的图标，什么情况？请帮忙解答一下...

同学，你好，
根据你提供的信息，我做不出任何分析，不好意思哈
祝好！
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最爱——羽毛球
20楼2014-05-23 13:46:06
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