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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【任务征集】VASP跑分子动力学数据处理方法
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[交流] 【任务征集】VASP跑分子动力学数据处理方法已有16人参与

VASP可以做：

结构驰豫、总能计算，电子结构（ 态密度和能带结构），电荷密度，bader布局分析，模量和应变，磁性，声子谱等的计算。

这些方面的数据分析读初学者来说，估计有一定难度，希望可以通过举办系列【任务征集】活动,以一个简单的算例来说明演示计算过程和结果分析。

这些内容可以是自己完成的计算，也可以是收集整理已有的例子。

作为开始，希望征集VASP跑分析动力学的数据处理方法。比如均方位移（mean-square displacement, MSD）,若干局部能量极小点筛选（这一点对于固体表面小分子的化学吸附点位初始猜测很重要）。

可以提供线索，思路，原理，或者程序代码，一个或者多个方面都欢迎。

希望广大虫子积极分享，集结整理后作为精华资源通过木虫出版rcs发布。奖励方法另行发布，受奖虫子可以参与协商。

小木虫对于原创和分享的奖励，一贯是慷慨的。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-4-13 at 14:07 ]
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1楼2011-04-13 11:05:47
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jizw0704

至尊木虫 (著名写手)
★
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我最近也在用VASP做MD，现在也陆续计算介绍了，但不知道如何分析，我查阅了一下文献，大家好像都在讨论，径向分布函数，Bond angle distributions，Mean-squared displacement等，就是不知道如何分析，求高手啊
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最爱——羽毛球
17楼2013-01-04 16:05:33
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jizw0704

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
对于VASP做MD的结果的处理中，径向分布函数，我利用的是VMD软件，该软件重要读取的是VASP跑完MD后的vasprun.xml文件，首先将vasprun.xml文件Load到VMD中（File-New Molecule-Browse-Load），然后在VMD的主操作界面选择Extensions-Analysis-Radial Pair Distribution Function g（r),就可以了，试试看，望有帮助！！
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最爱——羽毛球
18楼2013-01-15 10:12:58
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jizw0704

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by jfyh2008 at 2014-05-22 20:41:38
请问我采用这种方法计算的g(r)都为0是怎么回事，而且计算后也没有显示RDF的图标，什么情况？请帮忙解答一下...

同学，你好，
根据你提供的信息，我做不出任何分析，不好意思哈
祝好！
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最爱——羽毛球
20楼2014-05-23 13:46:06
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