24小时热门版块排行榜    

查看: 6099  |  回复: 16

lsh1986914

新虫 (小有名气)


[交流] 关于VASP计算得到CHGCAR文件的数据处理以及数据单位的

大家好:
       本人在处理vasp计算得到的CHGCAR文件时发现一个问题。我们从vasp的手册上可以知道,CHGCAR里面的数据是指 p(r)*Vcell     前面的P(r)是指电荷密度,单位是e / A^3, 而后面的Vcell是指自己计算体系的原胞体积,当然Vcell的单位就是A^3了——前面的这一段话,不要质疑,是我通过积分验证了的。其实就是将CHGCAR里面的所有数据除以CHGCAR中网格的数目
          (NG(X,y,Z)F  —— p(r)*Vcell /(NGXF*NGYF*NGZF)   然后再求和这样就等于体系的价电子数。
      那么我想问的是大家在处理CHGCAR的数据时,是直接将CHGCAR里面的数据读出来转换成MS可视化的数据,还是把CHGCAR中的数据除以了一个Vcell 然后再转换成MS可视化的数据?这两种的单位分别是什么呢?我们作图的时候,有总电荷密度,差分电荷密度,自旋电荷密度,那么分别在处理数据时采用前面的那种方法?  组里面前任编的Fortran,总电荷密度和自旋电荷密度是直接读取然后就用了,但是在差分电荷密度的时候,又除以了原胞体积Vcell, 很不统一。然后去看他们的那些文献,发现当涉及到介绍这些图片时,单位都是很含糊,有的是
  eV/(au)^3, 也有说成这样的eV / A^3。 这里面的单位在作图时切一个面,面电荷 和 直接使用体电荷密度的 一致吗? 不一致的话区别在哪里?
       求高人指点!!!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理相关文档

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lsh1986914

新虫 (小有名气)


这么多人都是来混金币的,对小木虫很失望!!!
9楼2012-06-20 22:43:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

phd-xu

金虫 (小有名气)



lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
个人认为尺度一样就可以了,我们用eV / A^3
10楼2012-06-21 10:35:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

userhung

禁虫 (文学泰斗)



lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
看看文献哦,祝福好运~~~~~~~~~~
4楼2012-06-20 16:30:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangy1220

新虫 (职业作家)



lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主
8楼2012-06-20 17:03:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenyuchen

木虫 (正式写手)



lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
eV/(au)^3和eV / A^3这两个单位量纲是一样的,肯定都是除了Vcell的啊。只相差一个单位换算常数而已。
电荷密度图从定义上应该是要除以Vcell的,面电荷密度应该是除以面积吧。我也没太注意这方面,你可以在经典文献里面找找看。
ps:混金币的你可以点通知版主处理,版主会帮你返还的,不要对小木虫失望哟!
11楼2012-06-23 11:28:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsh1986914

新虫 (小有名气)


引用回帖:
11楼: Originally posted by chenyuchen at 2012-06-23 11:28:51
eV/(au)^3和eV / A^3这两个单位量纲是一样的,肯定都是除了Vcell的啊。只相差一个单位换算常数而已。
电荷密度图从定义上应该是要除以Vcell的,面电荷密度应该是除以面积吧。我也没太注意这方面,你可以在经典文 ...

哈哈!这几个金币不算什么滴,我说“都是来混金币的,对小木虫很失望”,这是在用激将法嘛,好让高手们都出来给我指点指点啊~
       还是很感谢所有 回帖的同志们,至少知道大家在关注着别人,谢谢大家~~~~
12楼2012-06-27 21:34:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

逗号1218

新虫 (初入文坛)



lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
我们从vasp的手册上可以知道,CHGCAR里面的数据是指 p(r)*Vcell     前面的P(r)是指电荷密度,单位是e / A^3, 而后面的Vcell是指自己计算体系的原胞体积,当然Vcell的单位就是A^3了
这句话我也看到了,不是很理解,新手呢,求指教~~~
14楼2014-05-29 19:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaozhibin

铜虫 (正式写手)



lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
请问下lz,为什么我对CHGCAR 求和得不到体系的价电子总数?

In CHGCAR file, the format is: WRITE(IU,FORM) (((C(NX,NY,NZ),NX=1,NGXC),NY=1,NGYZ),NZ=1,NGZC) according to the manual.
However, I made a summation of the total charge is largely different from the electrons in my system. My script is:

c--- read the charge density
open(4,file='CHGCAR',status='old')
read(4,*) (((C(NX,NY,NZ),NX=1,NGXC),NY=1,NGYC),NZ=1,NGZC)

c---- I have opened the CHGCAR file and on each axis, there are 160 grids.
do Nx=1,160
do Ny=1,160
do Nz=1,160
totalcharge = totalcharge + C(Nx,Ny,Nz)/volume
enddo
enddo
enddo

open(15,file='Charge_total.dat')
write(15,*) totalcharge

My result is 40959.9999. But in fact, my system only has two atoms. It is a CO module. I am very confused about my result but I cannot figure it out. I just read the data and make a summation. Could someone give me a hint or suggestion? Thanks!
15楼2017-09-20 08:35:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

0Reliance

银虫 (正式写手)



lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
15楼: Originally posted by gaozhibin at 2017-09-20 08:35:08
请问下lz,为什么我对CHGCAR 求和得不到体系的价电子总数?

In CHGCAR file, the format is: WRITE(IU,FORM) (((C(NX,NY,NZ),NX=1,NGXC),NY=1,NGYZ),NZ=1,NGZC) according to the manual.
However, I made a su ...

请问 你的问题解决了吗?我也在进行CHGCAR文件的数据处理,也遇到了相似的问题?
16楼2019-01-09 14:50:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

refors

木虫 (小有名气)



lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
楼主, 请教下你前半段的积分过程,我做了一个12个C和16个N的体系,NGX NGY NGZ 分别为96 96 280,体系体积为880.3埃的三次方,我的电荷文件是关于一条能带的partial charge,也是说体系的电荷应该是2个电子,其中charge文件部分的积分为512000e,按照你的计算方法我得到的体系电荷是0.2个电子,刚好差了一个数量级
17楼2019-02-26 11:25:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
shanly2楼
2012-06-20 16:06   回复  
lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
syhorchid3楼
2012-06-20 16:27   回复  
lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
icebergwu5楼
2012-06-20 16:31   回复  
lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
2012-06-20 16:39   回复  
lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
hr6307楼
2012-06-20 16:52   回复  
lsh1986914(金币+1): 谢谢参与
showtimexh13楼
2013-09-25 21:01   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 lsh1986914 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 5/250 2026-08-23 12:09 by LR9qGULyN2ew
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
信息提示
请填处理意见