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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

[求助] vmd如何远程加载分子动力学轨迹？

听说在服务器上安装vmd之后，可以在远程客户端使用vmd来加载分子动力学轨迹文件，哪位大牛指导一下是如何做到的?
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人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
1楼 2013-01-15 14:01:11
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
听说VMD 的手册介绍的比较清楚，楼主不妨去看看手册。
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2楼2013-01-15 14:04:43
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-15 14:04:43
听说VMD 的手册介绍的比较清楚，楼主不妨去看看手册。

看过，没找到。好像需要一个东西，才能做到，忘了是什么了
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人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
3楼2013-01-15 14:11:02
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by xk6891 at 2013-01-15 14:11:02
看过，没找到。好像需要一个东西，才能做到，忘了是什么了...

那最起码你也应该把你是用什么软件做的MD模拟吧？不同的软件产生的分子动力学轨迹文件格式不一样，在论坛里提问最好能够把问题描述的详细一些，这样大家的回复也就更有针对性。你把你的问题描述清楚了，然后搜索关键词，也许论坛里就已经有答案了，不信你试试。
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4楼2013-01-15 14:30:34
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-15 14:30:34
那最起码你也应该把你是用什么软件做的MD模拟吧？不同的软件产生的分子动力学轨迹文件格式不一样，在论坛里提问最好能够把问题描述的详细一些，这样大家的回复也就更有针对性。你把你的问题描述清楚了，然后搜索关 ...

恩，版主建议的是。就是cpmd模拟产生的xyz文件。我主要是想在家里用客户端打开远端集群服务器上面的vmd程序，这样加载轨迹时，就不需要download这些超大的轨迹文件了，不然download过程太慢了。
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人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
5楼2013-01-15 14:39:53
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xk6891: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢斑竹~我回头再详细看看tcl/tk的东西 2013-01-16 15:41:18
远程操作打命令：

mol load xyz yourfilename.xyz

再建议你好好学习tcl脚本命令，这样你可以通过命令把你所需要的结果，都通过vmd处理好，只需要从远程传输最后的结果即可。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2013-1-15 at 14:58 ]
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6楼2013-01-15 14:56:41
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2013-01-15 16:04:36
xk6891: 金币+3, ★有帮助, 额，结构朝向如果一次一次的修改确实不方便，但确实是一种方法 2013-01-16 15:42:10
引用回帖:
5楼: Originally posted by xk6891 at 2013-01-15 14:39:53
恩，版主建议的是。就是cpmd模拟产生的xyz文件。我主要是想在家里用客户端打开远端集群服务器上面的vmd程序，这样加载轨迹时，就不需要download这些超大的轨迹文件了，不然download过程太慢了。...

你是需要调用图形吗？用terminal吗？
远程调用图形不一定快哦。
到是可以按照版主的建议，文本界面，用命令加载，然后远程传输最后的结果。
就是不知道结构位置，朝向是否合理。不过可以先一试。
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Youcompleteme.
7楼2013-01-15 15:36:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by abdoman at 2013-01-15 15:36:37
你是需要调用图形吗？用terminal吗？
远程调用图形不一定快哦。
到是可以按照版主的建议，文本界面，用命令加载，然后远程传输最后的结果。
就是不知道结构位置，朝向是否合理。不过可以先一试。...

我估计楼主应该是想加载轨迹做数据分析处理，要做图形处理的话，远程有点困难，毕竟如你所说，不知道结构位置朝向等。
不过这些使用tcl脚本也都可以实现，可以在自己的电脑上调节好这些参数，然后命令让远程输出图片即可。
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8楼2013-01-15 16:08:14
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 高手现身！ 2013-01-15 19:51:06
xk6891: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 恩，好像是xmanager，如果是这样的话，只要能够支持远程桌面linux的东西，都可以做到了 2013-01-16 15:43:34
vmd 既可启动图形界面, 也可以使用文本界面调用
如果是后者, 用普通的ssh/telnet 远程连接即可
如果非要在远程启动图形界面的话, 可以用支持远程桌面的客户端连接, 如xmanager

总之 操作方式不是vmd 特有的
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9楼2013-01-15 18:24:24
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xuxm03

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by bay__gulf at 2013-01-15 18:24:24
vmd 既可启动图形界面, 也可以使用文本界面调用
如果是后者, 用普通的ssh/telnet 远程连接即可
如果非要在远程启动图形界面的话, 可以用支持远程桌面的客户端连接, 如xmanager

总之 操作方式不是vmd 特有的

他说的应该是IMD吧？
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10楼2013-01-16 04:23:46
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