应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » vmd如何远程加载分子动力学轨迹？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 3510  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xk6891

至尊木虫 (著名写手)

[求助] vmd如何远程加载分子动力学轨迹？

听说在服务器上安装vmd之后，可以在远程客户端使用vmd来加载分子动力学轨迹文件，哪位大牛指导一下是如何做到的?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VMD 软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
1楼 2013-01-15 14:01:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
听说VMD 的手册介绍的比较清楚，楼主不妨去看看手册。
赞一下 回复此楼
2楼2013-01-15 14:04:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-15 14:04:43
听说VMD 的手册介绍的比较清楚，楼主不妨去看看手册。

看过，没找到。好像需要一个东西，才能做到，忘了是什么了
赞一下 回复此楼
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
3楼2013-01-15 14:11:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by xk6891 at 2013-01-15 14:11:02
看过，没找到。好像需要一个东西，才能做到，忘了是什么了...

那最起码你也应该把你是用什么软件做的MD模拟吧？不同的软件产生的分子动力学轨迹文件格式不一样，在论坛里提问最好能够把问题描述的详细一些，这样大家的回复也就更有针对性。你把你的问题描述清楚了，然后搜索关键词，也许论坛里就已经有答案了，不信你试试。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-01-15 14:30:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-15 14:30:34
那最起码你也应该把你是用什么软件做的MD模拟吧？不同的软件产生的分子动力学轨迹文件格式不一样，在论坛里提问最好能够把问题描述的详细一些，这样大家的回复也就更有针对性。你把你的问题描述清楚了，然后搜索关 ...

恩，版主建议的是。就是cpmd模拟产生的xyz文件。我主要是想在家里用客户端打开远端集群服务器上面的vmd程序，这样加载轨迹时，就不需要download这些超大的轨迹文件了，不然download过程太慢了。
赞一下(1人) 回复此楼
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
5楼2013-01-15 14:39:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xk6891: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢斑竹~我回头再详细看看tcl/tk的东西 2013-01-16 15:41:18
远程操作打命令：

mol load xyz yourfilename.xyz

再建议你好好学习tcl脚本命令，这样你可以通过命令把你所需要的结果，都通过vmd处理好，只需要从远程传输最后的结果即可。

[ Last edited by jiaoyixiong on 2013-1-15 at 14:58 ]
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-01-15 14:56:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2013-01-15 16:04:36
xk6891: 金币+3, ★有帮助, 额，结构朝向如果一次一次的修改确实不方便，但确实是一种方法 2013-01-16 15:42:10
引用回帖:
5楼: Originally posted by xk6891 at 2013-01-15 14:39:53
恩，版主建议的是。就是cpmd模拟产生的xyz文件。我主要是想在家里用客户端打开远端集群服务器上面的vmd程序，这样加载轨迹时，就不需要download这些超大的轨迹文件了，不然download过程太慢了。...

你是需要调用图形吗？用terminal吗？
远程调用图形不一定快哦。
到是可以按照版主的建议，文本界面，用命令加载，然后远程传输最后的结果。
就是不知道结构位置，朝向是否合理。不过可以先一试。
赞一下 回复此楼
Youcompleteme.
7楼2013-01-15 15:36:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by abdoman at 2013-01-15 15:36:37
你是需要调用图形吗？用terminal吗？
远程调用图形不一定快哦。
到是可以按照版主的建议，文本界面，用命令加载，然后远程传输最后的结果。
就是不知道结构位置，朝向是否合理。不过可以先一试。...

我估计楼主应该是想加载轨迹做数据分析处理，要做图形处理的话，远程有点困难，毕竟如你所说，不知道结构位置朝向等。
不过这些使用tcl脚本也都可以实现，可以在自己的电脑上调节好这些参数，然后命令让远程输出图片即可。
赞一下 回复此楼
8楼2013-01-15 16:08:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 高手现身！ 2013-01-15 19:51:06
xk6891: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 恩，好像是xmanager，如果是这样的话，只要能够支持远程桌面linux的东西，都可以做到了 2013-01-16 15:43:34
vmd 既可启动图形界面, 也可以使用文本界面调用
如果是后者, 用普通的ssh/telnet 远程连接即可
如果非要在远程启动图形界面的话, 可以用支持远程桌面的客户端连接, 如xmanager

总之 操作方式不是vmd 特有的
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2013-01-15 18:24:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuxm03

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by bay__gulf at 2013-01-15 18:24:24
vmd 既可启动图形界面, 也可以使用文本界面调用
如果是后者, 用普通的ssh/telnet 远程连接即可
如果非要在远程启动图形界面的话, 可以用支持远程桌面的客户端连接, 如xmanager

总之 操作方式不是vmd 特有的

他说的应该是IMD吧？
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2013-01-16 04:23:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xk6891 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +7 chenxrlkx 2026-04-05 7/350 2026-04-06 07:31 by houyaoxu
[考研] 调剂 一志愿吉林大学357分 +3 .Starry. 2026-04-04 3/150 2026-04-06 07:11 by jj987
[考研] 化学357分，考研调剂 +11 .Starry. 2026-04-04 12/600 2026-04-06 06:28 by houyaoxu
[考研] 085602调剂 初试总分335 +9 19123253302 2026-04-05 9/450 2026-04-06 06:14 by houyaoxu
[考研] 308求调剂 +11 倘若起风了呢 2026-04-05 11/550 2026-04-05 23:21 by 来看流星雨10
[考研] 316求调剂 +5 yyx想调剂 2026-04-05 5/250 2026-04-05 22:22 by 咔咔咔咔9
[考研] 086000生物与医药298调剂求助 +9 元元青青 2026-03-31 12/600 2026-04-05 21:03 by 学员8dgXkO
[考研] 工科求调剂 +15 11ggg 2026-04-03 15/750 2026-04-05 16:24 by zzx2138
[考研] 318求调剂 +11 ykyhsa 2026-04-05 13/650 2026-04-05 12:44 by aidndnjck
[考研] 一志愿南航，数一英一学硕317求调剂！！ +5 Acaciad 2026-04-04 5/250 2026-04-05 12:31 by 搏击518
[考研] 292分，材料与化工，申请调剂 +22 程晴之 2026-04-01 26/1300 2026-04-04 22:03 by hemengdong
[考研] 296材料专硕求调剂 +21 202451007219 2026-04-02 22/1100 2026-04-04 21:48 by hemengdong
[考研] 331求调剂 +3 niby 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:56 by 蓝云思雨
[考研] 336求调剂 +8 kiyy 2026-04-01 8/400 2026-04-03 19:41 by lijunpoly
[考研] 293求调剂 +5 末未mm 2026-04-02 6/300 2026-04-03 15:20 by 王保杰33
[基金申请] 请问共同通讯和共同一作的认可度问题 10+4 psa1234 2026-04-01 10/500 2026-04-03 11:08 by Kittylucky
[考研] 312求调剂 +4 赊月色 2026-04-02 5/250 2026-04-03 08:21 by fangshan711
[考研] 302求调剂 +9 zyx上岸！ 2026-04-02 9/450 2026-04-02 23:07 by 马儿快快地跑
[考研] 环境工程297分求调剂一志愿杭高院 +15 GENJIOW 2026-03-31 16/800 2026-04-02 17:56 by cyh—315
[考研] 270调剂 +7 maxjxbsk 2026-04-02 7/350 2026-04-02 09:50 by yulian1987
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭