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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】轨迹文件格式转化问题
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baoer3808

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】轨迹文件格式转化问题 已有3人参与

请教大家:比如lammps跑分子动力学得出的轨迹文件能不能转化成NAMD下的dcd文件啊？
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1楼 2010-06-24 16:22:46
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-25 08:09:26
baoer3808(金币+3):谢谢版主一直以来的帮助 2010-06-25 17:22:12
vmd 可以直接读lammps 的轨迹, 然后用writedcd 即可
非要做成dcd 可以参考
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=21919
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2楼2010-06-24 21:33:04
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baoer3808

银虫 (小有名气)
我还有一个问题，writedcd是VMD里面的命令吗？
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3楼2010-06-25 17:54:53
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clark_zhy

新虫 (初入文坛)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-01 15:02:28
baoer3808(金币+2): 2010-07-01 17:17:25
是的，writedcd是VMD的一个命令！

其实，更建议使用catdcd，可以完成很多轨迹格式的转换。简单易用。强烈推荐
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4楼2010-07-01 13:50:08
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