应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
51/1返回列表
查看: 3458  |  回复: 4
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

abin007

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�

各位，请教一个问题，我使用NAMD做分子动力学计算，希望能使用AMBER力场，但在生成AMBER的构型和力场文件时总是不顺利，而我现在有现成的psf文件，我想直接使用来自AMBER的力场参数然后写CHARMM格式的力场文件，当然这些参数根据两个力场使用的公式不同进行了转化，我这样处理合理吗？接下来的计算会有什么问题？真诚请教
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2011-02-22 00:57:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abin007

银虫 (初入文坛)

自己先来坐个沙发，我上面可能说得还有点模糊，我的意思是直接从AMBER力场文件(像parm99.dat)中抽取键长、键角和二面角的力参数，当然了，对于AMBER力场的原子类型的定义我是分清楚了的
赞一下 回复此楼
2楼2011-02-22 01:11:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-22 16:02:17
abin007(金币+2): 2011-02-22 16:38:09

倒是没有大的问题, 有些细节是要注意的, 比如1-4scaling
namd 是可以直接调用amber 力场的, 方法参考
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-02-22 09:00:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-22 16:02:26
abin007(金币+1): 2011-02-22 16:38:31

曾经用这种方式处理过碳管。
要小心。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-02-22 10:06:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兰S水晶

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:13:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by bay__gulf at 2011-02-22 09:00:07
倒是没有大的问题, 有些细节是要注意的, 比如1-4scaling
namd 是可以直接调用amber 力场的, 方法参考
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html

您好，有个问题想问您一下，我现在也正在做amber2charmm的转换，比例关系是将amber网站上的力场包和charmm力场包里的amber2charmm进行了比较，发现比例关系都是1:1，但是这样转换过来后，生成的键长键角参数有些不对劲，我注意到您提到了1-4scaling，是不是我的比例出错了，能否具体告诉我一下是哪些的比例不是一比一呢？（角，键，二面角，非正常）？
赞一下 回复此楼
5楼2014-05-20 21:14:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 abin007 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭