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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子力场中非键能
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linyusuc

银虫 (小有名气)

[交流] 分子力场中非键能

请教各位大侠，分子力场中在进行体系的能量计算的时候，真空中的非键能与溶液中的非键能差别在哪里，表现在二者的能量项上是怎样的差别？不是很明白，恳请各位多多指点！
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1楼 2013-10-30 19:07:28
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Voland

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
linyusuc(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-31 08:31:48
首先……库仑力，真空介电常数和溶剂介电常数不同。
然后……范德瓦耳斯力，溶剂所用的模型和真空用的L_J_6-12式不同。
再次……溶剂的存在能有效分散电荷，从而产生溶剂化效果。
第四……溶剂和溶质分子之间的氢键能够进一步降低体系能量。
第五……如果是不溶性的溶质，能够形成固液两相，在表面上会有更复杂的情况，这个就会让你想死很多次了。
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2楼2013-10-30 22:40:54
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Voland at 2013-10-30 22:40:54
首先……库仑力，真空介电常数和溶剂介电常数不同。
然后……范德瓦耳斯力，溶剂所用的模型和真空用的L_J_6-12式不同。
再次……溶剂的存在能有效分散电荷，从而产生溶剂化效果。
第四……溶剂和溶质分子之间的氢 ...

很感谢您的帮助，那么我还想问一下，分子力场中真空与溶液中的能量的具体表达式在什么参考书籍上有介绍呢，您能否推荐一下？另外，对于范德瓦尔斯力，真空中就没有使用除了LJ-6-12以外的形式吗？另外，请问真空中与溶液中成键相互作用能有差别吗，具体表现在哪呢，因为不是很明白，请您指教，多谢 哦！

[ Last edited by linyusuc on 2013-10-31 at 10:10 ]
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3楼2013-10-31 07:07:29
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Voland

金虫 (小有名气)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-31 18:20:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by linyusuc at 2013-10-31 07:07:29
很感谢您的帮助，那么我还想问一下，分子力场中真空与溶液中的能量的具体表达式在什么参考书籍上有介绍呢，您能否推荐一下？另外，对于范德瓦尔斯力，真空中就没有使用除了LJ-6-12以外的形式吗？另外，请问真 ...

1. 能量包括我之前所提的以上诸多方面，应该是一个总和的存在，而针对不同的研究体系，会进行取舍，因此，至少我没有见过一个总和的公式，都是针对不同条件进行考虑的。
2. 有啊，有好多呢，我学统计热力学的时候看到一大堆用配分函数导出的公式，于是你可以看看统计热力学方面关于分子间相互作用的部分，都有什么公式。
3. 诶……你的标题不是非键能么？如果真要说，一般是我之前说的第三和第四种情况。如果你说和溶剂成键了……那就已经发生反应了不是么？
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4楼2013-10-31 13:40:09
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Voland at 2013-10-31 13:40:09
1. 能量包括我之前所提的以上诸多方面，应该是一个总和的存在，而针对不同的研究体系，会进行取舍，因此，至少我没有见过一个总和的公式，都是针对不同条件进行考虑的。
2. 有啊，有好多呢，我学统计热力学的时候 ...

谢谢你的热心帮助，我会查阅相关的书籍进行这些方面的基础知识的学些，谢谢哦@
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5楼2013-10-31 18:01:49
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